Estrogēns ir hormons, kas dominē menstruālā cikla pirmajā daļā sievietēm, savukārt progesterons mēdz dominēt otrajā daļā, tieši pēc ovulācijas. Abi hormoni ir jāsaglabā līdzsvarā, lai varētu iestāties grūtniecība, tāpēc pārāk mazs vai pārmērīgs estrogēna daudzums negatīvi ietekmē auglību. Ja šī hormona daudzums ir pārāk mazs, dzemdes gļotāda var būt pārāk plāna, lai varētu iestāties grūtniecība, un tas var pat apturēt ovulāciju. Pārāk daudz estrogēna var izraisīt libido samazināšanos un pat izraisīt reproduktīvās problēmas, piemēram, PCOS vai endometriozi. Estrogēna ietekmi uz auglību var novērot arī vīriešiem, jo dažiem ir pārmērīgs šī hormona daudzums.
Menstruālā cikla pirmo pusi kontrolē estrogēns, kas ļauj organismam ovulēties cikla vidū. Ja nav pietiekami daudz estrogēna, ķermenis, visticamāk, nesāks ovulāciju vai neizdalīs olas. Sieviete parasti var pateikt, ka viņai nenotiek regulāra ovulācija, kad viņa visā cikla laikā nepamana daudz dzemdes kakla gļotu, kā arī katru mēnesi pārstāj parādīties mēnešreizes, kas liecina, ka nepietiekams estrogēna daudzums negatīvi ietekmē auglību. Turklāt viņai var būt karstuma viļņi, nakts svīšana un galvassāpes. Zemu estrogēna līmeni parasti izraisa pārāk tievs, pārāk daudz vingrojums vai pamatslimība, kas neļauj izdalīties olām.
Lai gan ir acīmredzama pārāk maza estrogēna ietekme uz auglību, ir arī zināms, ka pārāk daudz estrogēna var arī pasliktināt auglību. Apmēram cikla pusceļā, tūlīt pēc ovulācijas, hormonam progesteronam vajadzētu pārņemt varu, un cikls vai nu beigsies ar grūtniecību vai dzemdes gļotādas sabrukšanu menstruāciju laikā. Pārāk daudz estrogēna var izraisīt pārāk maz progesterona, kā arī var izraisīt medicīniskas problēmas, kas neveicina regulāru ovulāciju, piemēram, endometriozi, PCOS, dzemdes fibroīdus un dzemdes vēzi. Turklāt estrogēnu dominēšana var ievērojami samazināt dzimumtieksmi, parasti samazinot dzimumakta iespējas un mazāk iespēju ieņemt bērnu. Pārmērīgu estrogēnu parasti izraisa liekais svars, nepareizs uzturs un pārmērīgs stress.
Vīriešu ķermenī ir neliels estrogēna daudzums, ko bieži līdzsvaro liels testosterona daudzums. Daži vīrieši ražo pārāk daudz šī hormona vai lieto to mākslīgi, lai atrisinātu noteiktas medicīniskas problēmas. Diemžēl estrogēns negatīvi ietekmē vīriešu auglību, piemēram, zems libido un zems spermatozoīdu skaits. Tāpēc ir svarīgi novērst šo problēmu, lai padarītu koncepciju iespējamu.