Klomifēna ietekme uz vīriešiem ir palielināta testosterona ražošana un tādējādi palielināta spermas ražošana. Zāles darbojas, izjaucot sistēmu, kas parasti liek hipofīzei pārtraukt testosterona ražošanu. Šī sistēma ietver hipofīzi smadzenēs un Leidiga šūnas sēkliniekos. Pētījumi liecina, ka klomifēna lietošana vīriešiem nav tik efektīva kā sievietēm, taču tas atbilst datiem, kas liecina, ka pāriem ir mazāka iespēja iestāties grūtniecība, ja auglības zāles jālieto vīrietim, nevis sievietei. Amerikas Savienoto Valstu Pārtikas un zāļu pārvalde (FDA) nav apstiprinājusi klomifēnu lietošanai vīriešiem.
Lai izprastu klomifēna ietekmi uz vīriešiem, ir nepieciešamas vispārīgas zināšanas par testosterona ražošanas procesu. Hipofīze atbrīvo hormonu, ko sauc par luteinizējošo hormonu (LH), kas tiek transportēts uz Leidiga šūnām sēkliniekos un kalpo kā ķīmiskais vēstnesis. Leidiga šūnas saņem LH un sāk ražot testosteronu, izsūknējot to organismā. Testosterons, kas izdalās organismā, tiek pārveidots par estrogēnu, kas atkal nonāk līdz hipofīzei. Hipofīze uztver estrogēna pārpalikumu kā signālu, lai samazinātu LH un līdz ar to arī testosterona izdalīšanos.
Klomifēna lietošana vīriešiem traucē šo procesu. Zāles neļauj estrogēnam nokļūt hipofīzē, kas liek hipofīzei domāt, ka organismā nav pietiekami daudz testosterona. Hipofīze nosūta vairāk LH uz Leidiga šūnām sēkliniekos, kas reaģē, ražojot vēl vairāk testosterona.
Šī hormonālā procesa blakusprodukts ir novedis pie klomifēna izmantošanas, lai palielinātu spermatozoīdu skaitu vīriešiem un uzlabotu spermas kvalitāti. Tas var notikt liekā testosterona dēļ, ko ražo Leidiga šūnas. Papildu testosterons koriģē hormonu līmeni, kas var novest pie veselīgākas spermas.
Neskatoties uz klomifēna ietekmes uz vīriešiem pozitīvajiem testu rezultātiem, FDA joprojām nav apstiprinājusi šīs zāles lietošanai vīriešiem. Tas ir tāpēc, ka uzņēmums, kas sākotnēji iesniedza pieteikumu apstiprināšanai, to darīja īpaši attiecībā uz šo zāļu lietošanu sievietēm. Pētījumi liecina, ka pāriem, kur vīrietim nepieciešama auglības ārstēšana, iestājas grūtniecība tikai 20 līdz 25% gadījumu, salīdzinot ar 20 līdz 60% gadījumu, kad sieviete lieto ārstēšanu.