Antibakteriālie līdzekļi mēdz samazināt maigāku baktēriju formu vairošanos, savukārt pretmikrobu līdzekļi novērš plašāka baktēriju loka, tostarp pelējuma, vairošanos. Lai gan antibakteriālie un pretmikrobu līdzekļi ir izplatīti, pretmikrobu īpašības, visticamāk, būs redzamas recepšu stipruma medikamentos. Ķīmiskās vielas, ko izmanto, lai samazinātu un iznīcinātu virsmas baktērijas, visticamāk, ir atrodamas bezrecepšu antibakteriālajos roku mazgāšanas un sejas līdzekļos. Atšķirībā no pretmikrobu līdzekļiem, tie neaizkavē baktēriju augšanu vai parādīšanos.
Galvenā atšķirība starp antibakteriālajām un pretmikrobu ķīmiskajām vielām ir to spēja novērst baktēriju attīstību. Piemēram, antibakteriālās ziepes parasti iznīcina vieglus vai vidēji smagus baktēriju celmus, kas var nonākt saskarē ar ādas virsmu. No otras puses, ir pierādīts, ka pretmikrobu līdzekļi novērš baktēriju izplatīšanos, kas var dzīvot un vairoties cilvēka organismā. Daži no šiem baktēriju veidiem var veicināt slimību un traucējumu attīstību, piemēram, iekaisuma pūtītes.
Lai izturētu pret baktērijām, var izmantot gan antibakteriālos, gan pretmikrobu līdzekļus, lai gan tie parasti ir paredzēti, lai izturētu dažādus baktēriju celmus. Pretmikrobu ķīmiskās vielas parasti izmanto recepšu antibiotiku izstrādē, ķīmijterapijas ārstēšanā un pretsēnīšu šķīdumos. Turpretim viens no galvenajiem antibakteriālo līdzekļu lietojumiem ir novērst mikrobu izplatīšanos, kas var attīstīties saaukstēšanās gadījumā vai izraisīt ādas virsmas infekcijas. Hlora balinātājs ir produkta piemērs, kam piemīt antibakteriālas īpašības, un to bieži izmanto, lai samazinātu virsmas baktēriju daudzumu, kas var pastāvēt virtuvēs un vannas istabās.
Viena no svarīgākajām atšķirībām starp antibakteriālajiem un pretmikrobu līdzekļiem ir tā, ka pretmikrobu ķīmiskajām vielām ir tendence novērst baktēriju izplatīšanos. Piemēram, ir pierādīts, ka pretmikrobu ķīmiskās vielas novērš pelējuma vairošanos, kam ir tendence strauji vairoties un izplatīties. Lai gan antibakteriālie līdzekļi var iznīcināt esošās baktērijas, tie ir pastāvīgi atkārtoti jāuzklāj vai jāizmanto atkārtoti, lai atbrīvotos no jebkādiem noturīgiem celmiem. Pretmikrobu līdzekļi mēdz ne tikai iznīcināt esošās baktērijas, bet arī novērst celmu vairošanos un izplatīšanos citās vietās.
Atkārtota antibakteriālo un pretmikrobu līdzekļu lietošana var izraisīt cilvēka rezistenci pret savām spējām cīnīties ar infekcijām. Šķiet, ka tas vairāk satrauc noteiktu veidu antibiotikas, ko lieto vieglu vai vidēji smagu infekciju ārstēšanai. Izturību var izraisīt arī vieglas antibakteriālas ķimikālijas, ko izmanto bezrecepšu sejas un roku mazgāšanas līdzekļos. Daži pretmikrobu ķīmisko vielu veidi, piemēram, penicilīns, ir spējuši izturēt baktēriju spēju attīstīt rezistentus celmus.