Dažādās farmaceitiskās kvalitātes kontroles metodes ietver, bet ne tikai, valsts aģentūru veiktās pārbaudes, detalizētas standarta darbības procedūras (SOP) izstrādi un ievērošanu, kā arī periodisku produktu savākšanu un testēšanu, ko veic uzņēmuma darbinieki. Farmācijas uzņēmumu iekārtu pārbaude un produktu pārbaudes, ko veic ārējās aģentūras, ir viena no labākajām kvalitātes kontroles metodēm. Farmaceitiskās kvalitātes kontrole ietver telpu tīrības nodrošināšanu, laboratorijas aprīkojuma kalibrēšanu un efektivitāti, darbinieku ievērošanu procedūrās un sastāvdaļu tīrības pakāpi.
Viena izplatīta farmaceitiskās kvalitātes kontroles metode ir gāzu hromatogrāfijas masas spektrometrija. Gāzu hromatogrāfijas masas spektrometrija ietver maisījuma, piemēram, medikamenta vai zāļu, ķīmisku analīzi, kurā tiek identificēts un parādīts katras medikamentā esošās vielas unikālais paraksts un daudzums. Šis tests precīzi norādīs produktā esošo konkrēto ķīmisko vielu daudzumu. Lai gan šī ir tikai viena no dažādajām farmaceitiskās kvalitātes kontroles metodēm, gāzu hromatogrāfijas masas spektrometrija ir ļoti precīza un salīdzinoši vienkārši izdarāma.
Uz uzņēmumiem, kas ražo zāles pārdošanai un izplatīšanai Amerikas Savienotajās Valstīs, attiecas stingri noteikumi un procedūras, ko ievieš Pārtikas un zāļu pārvalde (FDA). Uzņēmumiem jāreģistrē un jāuzskaita katra aktīvā farmaceitiskā sastāvdaļa komerciālajā izplatīšanā. Turklāt FDA pieprasa, lai farmācijas uzņēmumi SOP kontrolē un uzrauga visus iespējamos produkta piesārņojuma veidus, gan mikrobu, gan ķīmisko.
Darbiniekiem, kas strādā farmaceitisko preparātu ražošanā, ir jāzina un jāievēro noteiktās laboratorijas vadlīnijas, kas skaidri norādītas SOP. Viens no svarīgākajiem no tiem ir rūpīga uzmanība laboratorijas uzskaites un žurnālu kārtošanai. Pārbaužu laikā šie žurnāli tiek rūpīgi pārbaudīti. Darbiniekiem ir jābūt zināšanām par visām analītiskajām procedūrām un pilnībā tās jāveic. Roku mazgāšana un laboratorijas priekšautu un cimdu lietošana būtu tipiskas procedūras, kas darbiniekiem būtu jāievēro, lai nodrošinātu kvalitātes kontroli.
Lai gan daudziem farmācijas uzņēmumiem ir augsti kvalitātes kontroles standarti un tie dara visu iespējamo, lai piegādātu izcilu produktu, tas ne vienmēr notiek. Zāļu ražotāja godīgums negarantē, un viltotas zāles tiek ražotas un izdodas pārdot cienījamās aptiekās. Inspektori bieži vien ir nokavēti un neapmeklē uzņēmumu vairākus mēnešus, un uzņēmumi, kas pārkāpuši pārkāpumus, parasti tiek sodīti un brīdināti, pirms tie tiek spiesti slēgt. Nekad nav sāpīgi pajautāt savam farmaceitam, no kuriem zāļu uzņēmumiem viņi pasūta, un pēc tam pirms zāļu iegādes nedaudz izpētīt šo uzņēmumu reputāciju.