Hipotalāmam ir trīs daļas: priekšējā, bumbuļveida un aizmugurējā. Katrai daļai ir sava loma endokrīnās sistēmas vispārējās funkcijās un pienākumos. Vispārējie pienākumi ietver pievienošanos endokrīnajai sistēmai un nervu sistēmai. Vissvarīgākais ir tas, ka šī mazā smadzeņu daļa uztur homeostāzi, kas nodrošina piemērotus apstākļus, kas organismam nepieciešami, lai tā darbotos pareizi.
Lai gan hipotalāms ir mazs smadzeņu orgāns, tam ir jāveic lieli uzdevumi. Tas ir veidots kā konuss un atrodas virs smadzeņu stumbra, zem talāma. Šī daļa stiepjas uz leju, līdz saskaras ar infundibular kātiņu, kas ir caurule, kas ir savienota ar hipofīzi. Kopumā šim orgānam ir vairākas funkcijas, kas ir sadalītas katrā no trim daļām.
Sakarā ar to, kā hipotalāms ir savienots ar vairākām centrālās nervu sistēmas zonām un limbiskajām priekšsmadzenēm, tam ir jāpielāgojas atbilstoši dažādiem gan iekšējiem, gan ārējiem signāliem. Smaržas stimulācija bieži ietekmē endokrīno hormonu darbību. Glikortikoīdi un steroīdi ietekmē tādas reakcijas kā apetīte vai slāpes. Dienas gaismas iedarbība ir acīmredzams signāls; tas palīdz regulēt miega un nomoda ciklu.
Hipotalāma priekšējais reģions atrodas priekšā un ir atbildīgs par vairākām funkcijām. Tā ir būtiska termoregulācijas sastāvdaļa, kas ir ķermeņa temperatūras regulēšana. Termoregulāciju kontrolē svīšana un elsošana. Miega un diennakts ciklus regulē arī priekšējais reģions.
Hipotalāma vidū tiek atrasts bumbuļu reģions. Šī daļa ir atbildīga par slāpēm un izsalkumu. Bumbuļu reģions kontrolē arī asinsspiedienu un sirdsdarbības ātrumu. Šis reģions regulē arī augšanu regulējošos hormonus un dopamīna ražošanu.
Hipotalāma aizmugurē ir aizmugurējais reģions. Šī zona kontrolē asinsspiediena paaugstināšanos, drebuļus un acu zīlīšu paplašināšanos. Šis reģions ietekmē arī atmiņas funkcijas.
Kopumā hipotalāms kontrolē daudzas svarīgas ķermeņa funkcijas. Neirohormonus kontrolē un atbrīvo šis mazais smadzeņu orgāns. Caur šiem hormoniem tiek kontrolēta hipofīzes darbība, kā arī visas veģetatīvās nervu sistēmas vielmaiņas procesi.
Papildus hormoniem un vielmaiņas aspektu kontrolei hipotalāms kontrolē un atbrīvo arī hormonus, kas ietekmē endokrīno sistēmu. Endokrīnie hormoni tiek nosūtīti uz hipofīzi, un tiem ir nozīme noteiktā uzvedībā, kuras pamatā ir emocijas, piemēram, dusmas, trauksme vai bailes, un seksuālās aktivitātes.