Jūrascūciņas ir īpaši izplatīti grauzēji, taču dažas jūrascūciņu šķirnes ir biežāk sastopamas nekā citas. Piemēram, Himalaju, zīda un Abisīnijas šķirnes ir atrodamas zooveikalos un tiek iegādātas no audzētājiem visā pasaulē. No otras puses, kažokādas šķirnes ir retāk sastopamas, un tām ir nepieciešama papildu aprūpe, jo tām trūkst iespēju sasildīties ar savu biezo kažoku. Ir daudzas citas jūrascūciņu šķirnes — dažas ir noteiktas un oficiāli atzītas, citas — ne, un saraksts turpina pieaugt, dzīvniekiem krustojoties.
Ir divu veidu jūrascūciņu šķirnes: īsspalvainās un garspalvainās. Īsspalvainās šķirnes ir vienas no populārākajām, ko pārdod zooveikalos, savukārt garspalvainās jūrascūciņas parasti izmanto sacensībās vai izstādēs. Viņu apmatojums var izaugt līdz 2 pēdām (0.6 m) garš, un dzīvnieka labklājības un aprūpes vienkāršības labad tie ir jāsavieno vai jānogriež. Tāpat kā lielākajai daļai suņu un kaķu, arī garspalvainām jūrascūciņām ir augšējais un apakšējais kažoks.
Himalaju jūrascūciņa dzimšanas brīdī ir cieti balta ar tumši sarkanām acīm. Jūrascūciņai novecojot, tās punkti kļūst tumšāki, līdz tie kļūst gaiši brūni vai melni. Himalaju jūrascūciņu punktu galīgā krāsa ir atkarīga no mājas temperatūras iekštelpu mājdzīvniekiem vai vietējā klimata āra mājdzīvniekiem. Parasti Himalaju jūrascūciņām būs tumšāki plankumi, ja tās uzaugs siltās vietās.
Abisīnijas jūrascūciņas ir pazīstamas ar savu gļēvulīgo izskatu. Viņu kažoks ir raupjš, parasti stāv uz sāniem un bieži izskatās samulsis. Šāda veida jūrascūciņas var iegādāties īsspalvainās un garspalvainās šķirnēs.
Zīdains, kas pazīstams arī kā šeltijs, ir garspalvaina šķirne. Tās mati velkas atpakaļ pāri galvai, nevis jūrascūciņas acīs. Izstādē tiesneši meklē vienmērīgu apmatojumu, kas krīt ap jūrascūciņas ķermeni, izņemot acis.
Bezspalvainās jūrascūciņu šķirnes ir retas, bet nav nedzirdētas. Visizplatītākā tiek saukta par lieso cūku, un, lai gan tā nav pilnīgi bez apmatojuma, tā ir gandrīz tāda. Vēl viena bezspalvaino jūrascūciņu šķirne ir baldvins, kas piedzimst ar pilnu apmatojumu, kas vēlāk izkrīt. Izdilis un baldwin nevar vairoties, veidojot cita veida bezspalvas jūrascūciņas, jo viņu bezspalvainie gēni nav saderīgi. Tikai daži jūrascūciņu šovi ļauj konkurentiem piedalīties ar bezspalvainām šķirnēm.