Ir dažādi jūrascūciņu problēmu veidi, no kuriem dažas var būt pietiekami nopietnas, lai būtu nepieciešama veterinārā aprūpe. Kuņģa-zarnu trakta slimības ir izplatītas mājdzīvnieku jūrascūciņām, tāpat kā kažokādu plūkšana. Dažām jūrascūciņām sevis sakropļošana, noņemot kažokādu un ādu, var izraisīt infekciju. To var izraisīt bezdarbība vai garlaicība, neatbilstošs uzturs vai slikti turēšanas apstākļi. Jūrascūciņu problēmas var būt saistītas arī ar ērču invāziju, kuras var pārnest no viena grauzēja uz otru.
Jūrascūciņas ir bieži mājdzīvnieki, un, lai gan tās mēdz būt izturīgas, tās ir uzņēmīgas pret noteiktām slimībām. Viena no visbiežāk sastopamajām jūrascūciņu problēmām ir vēdera uzpūšanās un caureja. Tas var būt saistīts ar bakteriālu infekciju vai parazītiem. Neatkarīgi no iemesla smaga caureja jūrascūciņām var izraisīt dzīvībai bīstamu dehidratāciju. Šādā gadījumā ir nepieciešams iekšķīgi lietojams hidratācijas šķīdums, kā arī var ieteikt mainīt diētu.
Pēkšņi mainot jūrascūciņas uzturu, dzīvnieks var pārstāt ēst pavisam. Ar anoreksiju saistītās jūrascūciņu problēmas var būt arī dzīvībai bīstamas. Šis stāvoklis nav nekas neparasts jūrascūciņām, un straujš svara zudums var būt letāls, ja netiek lūgta iejaukšanās. Veterinārārsts var ieteikt veikt asins analīzes, lai izslēgtu slimības klātbūtni.
Nav nekas neparasts, ka jūrascūciņu problēmas ir saistītas ar zobu problēmām. Jūrascūciņas ar aizaugušiem dzerokļiem var ciest no uzturvērtības deficīta, jo dzīvnieks nevēlas ēst. Šādā gadījumā veterinārārstam var būt nepieciešams apgriezt grauzēja zobus. Veterinārārsti izmanto īpašus instrumentus, lai pārbaudītu un apgrieztu jūrascūciņas priekšzobu zobus.
Mājdzīvnieku īpašnieki, kuriem ir vecākas jūrascūciņas, var pamanīt nepatīkamu smaku no dzīvnieka taisnās zarnas. Tas var būt saistīts ar tā saukto taisnās zarnas sasitumu, ko izraisa mīksti izkārnījumi, kas ir izplatīts vecākiem grauzējiem. Maiga tīrīšana var palīdzēt noņemt fekālijas ap taisnās zarnas zonu. Tomēr dažos gadījumos jūrascūciņa var būt jāārstē veterinārārstam.
Elpošanas ceļu slimības, piemēram, pneimonija, ir izplatītas vecākām jūrascūciņām vai dzīvniekiem ar esošu veselības stāvokli. Bakteriāla pneimonija var būt letāla, ja tā netiek nekavējoties ārstēta. Ja vienā būrī tiek izmitinātas divas vai vairākas jūrascūciņas, infekcija var strauji izplatīties starp grauzējiem. Ir svarīgi regulāri dezinficēt būrus un barošanas traukus, lai novērstu slimību izplatīšanos mājdzīvnieku jūrascūciņu vidū.