Mikroskopa daļas var atšķirties no mikroskopa uz mikroskopu. Tomēr ir dažas daļas, kas ir kopīgas visiem mikroskopiem. Sākumā mikroskopiem ir nepieciešama spēcīga gaisma, īpaši tie, kas pastiprina attēlu ar vislielākajām jaudām. Dažreiz, lai sasniegtu palielinātas gaismas mērķi, tiek izmantotas mikroskopa lampas, dažreiz vienkārši izmantojot spoguli. Ja spogulis ir viena no mikroskopa daļām, izmantojiet to, lai caur skatuves apakšu atspoguļotu gaismu no ārēja avota.
Skatuve ir plakana platforma, kas ar skatuves klipšu palīdzību notur slidkalniņus savās vietās. Dažreiz mikroskopam ir mehāniska stadija. Ja tā, posms tiks pacelts un nolaists, pagriežot vienu pogu, un pārvietosies pa kreisi vai pa labi, izmantojot otru pogu. Ir lietderīgi pārvietot skatuvi, līdz paraugs atrodas virs gaismas, kas atrodas zem skatuves. Priekšmetu, kas tiks pārbaudīts caur mikroskopu, sauc par paraugu.
Parasti uz rotējoša deguna uzgaļa atrodas vairākas objektīvu lēcas. Rotējošais deguna uzgalis ir viena no mikroskopa daļām, kurā var ievietot divus, trīs, četrus vai vairāk objektīvus – vienkārši pagrieziet to, lai palielinātu vai samazinātu jaudu. Parasti paraugs tiek atrasts, izmantojot mazāko jaudu. Tā, piemēram, ja zinātnieks sāk ar parauga atrašanu ar 4X palielinājumu; pēc tam jaudu var pakāpeniski palielināt līdz 10X, 40X vai 100X, ja nepieciešams. Turklāt okulāra objektīvam — objektīvam, caur kuru zinātnieks skatās mikroskopa augšpusē — var būt 10x palielinājums; līdz ar to paraugu var skatīt ar 100X, 400X vai 1000X palielinājumu, ja okulāra lēcas un objektīva lēcas jaudu apvieno.
Dažas citas mikroskopa daļas ietver rupjā regulēšanas pogu un precīzās regulēšanas pogu. Rupjā regulēšanas poga veic liela mēroga pielāgojumus, lai fokusētu paraugu. Precīzās regulēšanas poga veic nelielas korekcijas, un tai vajadzētu būt vienīgajai pogai, kas tiek izmantota, kad tiek izmantotas lielākas jaudas.
Citas mikroskopa daļas ir kondensatora lēca un diafragma vai varavīksnene. Kondensatora lēca fokusē gaismu uz paraugu. Tas vislabāk darbojas, ja tiek izmantots ar lielāku jaudu, piemēram, 400X vai lielāku, un padarīs attēlu daudz asāku. Diafragma vai varavīksnene ir rotējoša platforma zem skatuves. Tam ir vairāku izmēru caurumi, un tas caur priekšmetstikliņu laiž cauri mainīgu gaismas daudzumu – biezākam paraugam ir nepieciešams vairāk gaismas nekā plānākam paraugam.