Dzeltenā drudža injekcijām ir līdzīgas blakusparādības kā citām vakcīnām. Lielākā daļa cilvēku ar blakusparādībām izjūt tikai vieglu diskomfortu: šāviena vieta var kļūt sāpīga, sasitumi un pietūkums; var būt arī viegls drudzis, ko pavada sāpes un drebuļi. Dažiem cilvēkiem, kuriem ir smagi simptomi, var rasties apgrūtināta elpošana, uzvedības izmaiņas, krampji, augsts drudzis, neregulāra sirdsdarbība, nātrene un citi simptomi, kuriem nepieciešama tūlītēja medicīniska palīdzība. Dzeltenā drudža injekciju blakusparādības parasti rodas pirmās stundas laikā pēc injekcijas, taču tās var attīstīties arī 30 dienu laikā pēc injekcijas.
Ārsti rūpīgāk uzrauga blakusparādības cilvēkiem, kuri nekad nav saņēmuši dzeltenā drudža injekcijas. Ja nav veikta vakcinācija, nav iespējams zināt, kā cilvēks reaģēs. Tiem, kuri ir veikuši injekciju un kuriem nav bijušas nekādas blakusparādības, ir ļoti maza iespējamība, ka atkārtotas injekcijas gadījumā radīsies blakusparādības.
Daudzi cilvēki pēc dzeltenā drudža injekcijas izjūt tikai vieglas sekas, piemēram, sāpīgumu vai stīvumu injekcijas vietā. Personai, kurai ir vieglas sāpes, injekcijas vietā var rasties apsārtums, zilumi un, iespējams, pietūkums. Var rasties arī viegls un īslaicīgs drudzis. Šādiem simptomiem medikamentoza ārstēšana bieži vien nav nepieciešama; simptomiem ar laiku vajadzētu izzust. Ja kāds vēlas, viņi var lietot bezrecepšu medikamentus, lai palīdzētu mazināt drudzi un sāpīgumu.
Tiem, kam ir smagi simptomi, nekavējoties jāmeklē medicīniskā palīdzība. Smagas dzeltenā drudža injekciju blakusparādības parasti izraisa alerģiskas reakcijas un var būt nāvējošas. Parasti tiem, kas cieš no šādām reakcijām, ir alerģija pret vistām, olām vai želatīnu — visām izplatītākajām vakcinācijas sastāvdaļām.
Tie, kuriem ir šādas alerģijas, tiek aicināti izvairīties no ceļošanas uz Āfrikas un Dienvidamerikas daļām, kur dzeltenā drudža vīruss ir izplatīts. Ja personai ar olu vai vistas alerģiju jādodas uz šādiem reģioniem, ārsts tomēr var ieteikt dzeltenā drudža vakcīnu, ja tiek uzskatīts, ka inficēšanās ar vīrusu ir dzīvībai bīstamāka nekā alerģiska reakcija no šāviena. Ārsti var nodrošināt vakcināciju mazākās devās, cerot izraisīt mazāk smagu alerģisku reakciju.
Dažiem demogrāfiskajiem datiem ir lielāka iespēja ciest no smagām dzeltenā drudža injekciju blakusparādībām nekā citiem. Kā minēts, riskam ir pakļauti tie, kuriem ir mājputnu alerģija. Grūtniecēm arī ieteicams nesaņemt vakcīnu, jo tā var kaitēt nedzimušam bērnam. Tiem, kuriem ir vāja imūnsistēma un kuriem nopietnas slimības dēļ ir bijusi orgānu mazspēja, var arī ieteikt neveikt injekciju. Bērni, kas jaunāki par deviņiem mēnešiem, un jo īpaši tie, kas jaunāki par sešiem mēnešiem, tiek uzskatīti par īpaši neaizsargātiem pret negatīvām blakusparādībām.