Izoflavoniem ir dažādas priekšrocības, taču tiem ir arī dažas blakusparādības, kas var būt apgrūtinošas un pat bīstamas tiem, kas lieto šo vielu. Dažas izoflavonu blakusparādības galvenokārt skar sievietes, jo grūtniecēm un tiem, kas ir cīnījušies ar krūts vēzi, parasti ir vislielākais negatīvo efektu risks. Tomēr jebkuru sievieti, lietojot izoflavonus, var ietekmēt karstuma viļņi un svara pieaugums. No otras puses, vīrieši var pamanīt samazinātu libido, neauglību un atmiņas zudumu, lietojot izoflavona piedevas. Citas izoflavonu blakusparādības var ietekmēt gan sievietes, gan vīriešus, un dažas no visbiežāk sastopamajām problēmām ir caureja, pārtikas alerģijas un galvassāpes.
Dažas blakusparādības ir raksturīgas sievietēm, jo izoflavoni var ietekmēt hormonālo līdzsvaru sievietes ķermenī, izraisot dažas negatīvas sekas. Piemēram, tās, kurām anamnēzē ir krūts vēzis, parasti tiek atturētas no izoflavonu lietošanas, jo tie var stimulēt krūts vēža šūnas, kas jau var būt klāt. Tiek uzskatīts, ka izoflavoniem ir arī ietekme uz krūts vēža ārstēšanas zālēm, taču sievietes, kurām nav bijusi šāda veida vēzis, parasti tiek uzskatītas par drošām no šīs iespējamās blakusparādības. Papildu bažas rada tas, ka izoflavoni var kaitēt nedzimušajiem bērniem, kuriem nepieciešams īpašs hormonu līdzsvars, lai pareizi attīstītos dzemdē, tāpēc grūtniecēm parasti ieteicams izlaist šāda veida piedevas. Jebkura sieviete ir jutīga pret svara pieaugumu un karstuma viļņiem, ko var izraisīt izoflavoni, tāpēc sievietēm ir ieteicams nodrošināt, lai iespējamie ieguvumi būtu lielāki par iespējamām blakusparādībām.
Vīriešiem var rasties arī dažas izoflavonu blakusparādības, kuras sievietes var nesaņemt, jo abiem parasti ir atšķirīgs hormonālais līdzsvars. Viena no lielākajām blakusparādībām vīriešiem ir samazināts libido, jo paaugstināts estrogēna līmenis var izraisīt testosterona līmeņa pazemināšanos, kas var izraisīt arī neauglību. Papildu blakusparādības vīriešiem var būt nogurums, atmiņas zudums un samazināta kognitīvā funkcija. Daudzi pētījumi liecina, ka sievietes neizjūt šīs izoflavonu blakusparādības, tāpēc vīriešiem tas ir jāpatur prātā pirms šīs vielas lietošanas, pamatojoties uz sieviešu labvēlīgām atsauksmēm.
Dažas izoflavonu blakusparādības ietekmē gan vīriešus, gan sievietes. Dažiem cilvēkiem sojas izoflavonu lietošanas laikā rodas aizcietējums, savukārt citiem var būt caureja un kuņģa darbības traucējumi. Galvassāpes un reiboņa sajūta arī ir dažas izoflavonu negatīvās sekas. Iespējams, ka šī viela izraisa nierakmeņus, pārtikas alerģijas un vairogdziedzera darbības traucējumus, tāpēc cilvēkiem, kuri nolemj lietot izoflavonus, ieteicams sekot līdzi šīm blakusparādībām.