Datoru programmatūras inženiera algu nosaka daudzi faktori, no kuriem neviens neņem pārsvaru. Izglītībai ir liela nozīme algas noteikšanā, tāpat kā sertifikācijai ar dažādām programmatūras pakotnēm un sistēmām. Nodarbinātības nozare ir svarīga atlīdzības noteikšanā, jo daži maksā ievērojami vairāk vai mazāk nekā vidēji. Programmatūras inženiera alga ir atšķirīga attīstītajās un jaunattīstības valstīs, kā arī dažādos valstu reģionos, tāpēc arī ģeogrāfiskā atrašanās vieta var ietekmēt algas noteikšanu. Pieredzei ir nozīme arī algas noteikšanā.
Datoru programmatūras inženieriem parasti ir jābūt vismaz BS. Augstāki grādi parasti ievērojami palielinās inženiera atalgojuma skalu, lai gan var paiet nedaudz ilgāks laiks, lai sākotnēji atrastu amatu ar doktora grādu. Uzņēmumi, kas algo programmatūras inženierus, parasti balstās uz tās skolas prestižu, kuru kandidāts absolvējis. Datorprogrammatūras inženiera alga būs visaugstākā, ja viņš ar izcilām atzīmēm absolvēs vadošo augstskolu.
Sertifikāti ir svarīgi datoru programmatūras inženieriem. Daudzi datoru programmatūras un izstrādes pakalpojumu ražotāji piedāvā programmas, lai sertificētu inženierus un programmētājus savu produktu lietošanā. Vēlamo sertifikātu izvēle, piemēram, Microsoft sertificēta inženiera sertifikāts, var ievērojami palielināt datoru programmatūras inženiera algu.
Programmatūras inženieru atalgojums dažādās nozarēs un dažādos nodarbinātības veidos ir atšķirīgs. Dažādās tautsaimniecības nozarēs algas var atšķirties par aptuveni 10%. Inženieriem, kuri strādā uz līguma pamata, nevis kā pastāvīgie darbinieki, parasti ir viszemākās algas, lai gan daži konsultanti saņem ļoti labu atalgojumu.
Datoru programmatūras inženieru algas dažādās valstīs un reģionos ir ļoti atšķirīgas. Jaunattīstības valstīs algas ir ievērojami zemākas nekā attīstītajās valstīs. Šī tendence ir veicinājusi pieaugošo ārpakalpojumu izplatību šajā jomā.
Inženieru atalgojuma skala arī atbilst vietējām dzīves dārdzībai. Piemēram, Amerikas Savienotajās Valstīs datoru programmatūras inženiera alga parasti būs visaugstākā austrumu vai rietumu krastā, galvenokārt tāpēc, ka šajos apgabalos ir augstākas dzīves dārdzības. Šī tendence atspoguļojas lielākajā daļā valstu darba tirgu.
Inženieri, kuriem ir pieredze darbā noteiktā uzņēmumā vai nozarē, var tikt pārraudzīti vai vadoši amatos, kuriem ir lielākas algas. Tomēr laika gaitā pieredze šajā nozarē pasliktinās, jo nepārtraukti tiek izlaistas jaunas valodas un līdzekļi, un datoru programmatūras inženierim ir jāseko līdzi pašreizējām tendencēm, lai palielinātu savu peļņas potenciālu.