Kvalitatīvs gruntsūdens nozīmē vairāk nekā tikai tīru ūdeni. Tas ņem vērā arī minerālvielu saturu ūdenī. Gruntsūdeņu kvalitāti kontrolē daudzi faktori, tostarp piesārņojums, taču ir trīs galvenie faktori, kas veicina gruntsūdeņu kvalitāti: klimats, ūdens dziļums un augsne un nogulumi.
Pirmais faktors ir apgabala klimats. Karstākā vietā, kur ir mazāk nokrišņu, ūdens iztvaiko ātrāk, tuvojoties zemes virsmai. Ūdens ātri iztvaiko, atstājot minerālvielas zemē. Nākamajā reizē, kad līs un ūdens tiek iesūkts zemē, ūdens uzsūc minerālvielas un nogādā tos ūdens apgādē, piešķirot tai sāļu garšu. Vēsākā apgabalā, kurā ir daudz nokrišņu, ūdenī būs mazāks minerālvielu saturs, uzlabojot gruntsūdeņu kvalitāti.
Otrs faktors, kas kontrolē gruntsūdeņu kvalitāti, ir gruntsūdeņu dziļums no virsmas. Dziļāks ūdens līmenis radīs mazāku piesārņojumu, jo piesārņojošajām vielām ir grūtāk nokļūt ūdenī. Tomēr dziļākam ūdenim būs lielāks minerālvielu saturs. Ūdens darbojas, lai izšķīdinātu visu, ar ko tas nonāk saskarē, tāpēc, iegrimstot dziļāk zemē, tas izšķīdina minerālus un nes tos ūdens padeves virzienā.
Seklā ūdens krājumi nebūs tik mineralizēti, jo ūdens nenolaižas tik dziļi. Tomēr tajā ir augstāks kalcija, dzelzs un magnija līmenis, jo augsnei nav tik daudz laika, lai tos noņemtu. Tas padara ūdeni “cietu”. Sekla ūdens iespējamība tikt ietekmēta arī ar lielāku piesārņojumu.
Trešais faktors, kas kontrolē gruntsūdeņu kvalitāti, ir augsnes veids un nogulumi apgabalā. Dažiem nogulumu veidiem ir ķīmiskas vielas un minerālvielas, piemēram, sērs, kas ātri izšķīst, izraisot lielāku minerālvielu saturu ūdenī. Citu veidu nogulumos ir mazāk satura, ko var viegli izšķīdināt un pārnest ūdens apgādē.
Vēl viens gruntsūdens kvalitātes aspekts, ko nosaka augsnes tips, ir augsnes caurlaidība. Smiltis, kurām ir augsta caurlaidība, ļauj ūdenim viegli pārvietoties pa tām, neļaujot ūdenim savāc daudz minerālvielu ceļā. Mazāk caurlaidīga augsne, piemēram, māls, palēnina ūdens padevi, dodot tai iespēju izšķīdināt vairāk minerālvielu. Tomēr, kad ūdens lēnām pārvietojas pa zemi, pastāv lielāka iespēja, ka tas atstāj piesārņotājus un citus piesārņotājus, radot tīrāku ūdens piegādi.