Ir vairāki plusi un mīnusi, kas jāņem vērā pirms lēmuma pieņemšanas par alternatīvu vidusskolas izglītību. Elastīga mācību programma, mazāks klases lielums, mazāks mācību kavējumu līmenis un zema stresa vide var nodrošināt vidi, kas veicina labāku mācīšanos. Pielāgošanās grūtības, samazināts sociālo mijiedarbību skaits un negatīvās konotācijas, kas saistītas ar alternatīvo izglītību, tomēr var ietekmēt to, kā skolēns darbojas ārpus klases.
Alternatīvajai vidusskolas izglītībai ir raksturīga modificēta mācību programma, kas neatbilst tai, ko izmanto parastā valsts vidusskolā. Mācību programmu parasti var pielāgot, lai tas atbilstu studenta mācīšanās tempam, kas ir īpaši izdevīgi apdāvinātiem studentiem un tiem, kam ir grūtības mācīties. Piemērs tam varētu būt apdāvināto čartera skola, kas izveidota, lai attīstītu studentu akadēmiskos un mākslinieciskos talantus.
Klases lielums alternatīvajā vidusskolā parasti ir mazāks nekā vidusskolā. Tas ļauj samazināt skolotāju un studentu attiecību. Zemākā attiecība veicina lielāku mijiedarbību starp skolotāju un studentu un dod skolotājam iespēju bieži atbildēt uz skolēna jautājumiem. Studenti, kuriem ir grūtības sazināties ar lielu skaitu vienaudžu, var attīstīties alternatīvā skolā. Turklāt skolotājs var vairāk koncentrēties uz dažu skolēnu nepareizu uzvedību labošanu, kas parasti tiek ignorētas lielākā klasē.
Studentiem var patikt mācīties alternatīvā vidusskolā, jo tā vide ir relatīvi mierīga. Liela skaita studentu trūkums un stingra mācību programma var izraisīt zemāku stresa līmeni, kas vairāk veicina mācīšanos. Alternatīvā vidusskolas izglītība arī neļauj skolēniem “izkrist cauri plaisām”, jo vairāk uzsvaru liek uz studenta stipro pušu attīstīšanu, nevis saglabājot noteiktu vidējo atzīmi. Studenti gūst prieku no mācībām un tiek samazināts kavējumu skaits.
No otras puses, pāreja no tradicionālās vides uz alternatīvu skolu var apgrūtināt skolēnu, īpaši, ja pāreja notiek vēlāk vidusskolā, nevis sākumā. Grupa, pie kuras skolēns bija pieradis, nebūs, un tas var radīt pielāgošanās grūtības. Tas attiecas arī uz gadījumiem, kad students pāriet no alternatīvās vidusskolas uz parasto vidusskolu. Turklāt klašu daudzveidības trūkums alternatīvajā vidusskolā var ietekmēt arī to, kā skolēns socializējas nākotnē.
Vēl viens trūkums ir stigma, kas var būt saistīta ar studentiem no alternatīvās vidusskolas. Alternatīvā vidusskolas izglītība parasti tiek piedāvāta kā pēdējais līdzeklis “riska grupas” skolēniem, kuriem ir grūti darboties vidusmēra klases vidē. Turklāt studentam, kurš absolvējis alternatīvo vidusskolu, var būt grūtāk pieteikties darbā.