Amniocentēzes pārbaude var sniegt ģimenēm un viņu veselības aprūpes sniedzējiem svarīgu informāciju par jaunattīstības mazuļa labklājību. Tas var palīdzēt ārstam diagnosticēt ģenētiskus traucējumus un novērtēt, vai auglis ir pietiekami nobriedis, lai izdzīvotu ārpus dzemdes. Tomēr šī procedūra nav bez riska. Amniocentēzes komplikācijas var būt infekcija, asiņošana, amnija šķidruma noplūde, spontāns aborts un augļa traumas. Dažos gadījumos procedūra nesniedz precīzu informāciju par augli.
Lielākais amniocentēzes pārbaudes pluss ir tas, ka tā nodrošina jaunattīstības augļa ģenētiskā materiāla paraugu. Šī informācija ir būtiska, lai veiktu precīzāku ģenētisko sindromu pirmsdzemdību diagnozi. Lai gan ultraskaņas un mātes asins testi var liecināt par tādiem stāvokļiem kā Dauna sindroms, amniocentēze nodrošina precīzāku diagnozi.
Amniocentēzes pārbaude ir svarīga arī, lai novērtētu sievietes, kurām ir priekšlaicīgas dzemdības risks. Procedūras laikā iegūto paraugu var pārbaudīt, lai novērtētu, cik nobriedušas ir augļa plaušas. Nenobriedušas plaušas var likt sievietei mēģināt noturēt grūtniecību pēc iespējas ilgāk, lai sniegtu bērnam vislabākās iespējas izdzīvot pēc piedzimšanas. Turpretim tests, kas liecina par nobriedušām plaušām, var mainīt līdzsvaru par labu priekšlaicīgi dzimuša bērna piedzimšanai.
Diemžēl amniocentēzes pārbaudei ir vairāki riski. Daži riski ir saistīti ar faktu, ka amniocentēze ir invazīva procedūra. Vienmēr pastāv iespēja inficēties vai nu ar mātes ādu, vai no augļa šķidruma, kas ieskauj jaunattīstības augli. Sievietes procedūras rezultātā var pārmērīgi asiņot. Dažas sievietes piedzīvo pastāvīgu amnija šķidruma noplūdi no adatas ievadīšanas vietas.
Aborts pēc amniocentēzes ir vēl viens procedūras trūkums. Dažādi pētnieki ir novērtējuši dažādus augļa zuduma rādītājus pēc amniocentēzes. Kopumā tiek lēsts, ka pēcoperācijas aborta risks ir no 1.1 līdz 2.2%. Tas ir pieaugums no 0.7 līdz 1.5% salīdzināmām sievietēm, kurām nav veikta amniocentēze. Citiem vārdiem sakot, ar procedūru saistītais spontānā aborta risks svārstās no viena no 300 līdz vienam no 500.
Citus amniocentēzes testēšanas riskus var uzskatīt par procedūras negatīvajām pusēm. Adata var savainot augli, kas attīstās, lai gan šis risks ir reti sastopams, jo ir kļuvusi par ierastu praksi adatas vadīšanai izmantot ultraskaņu. Dažreiz amniocentēzes šķidrumā iegūtās šūnas neatspoguļo jaunattīstības augļa ģenētisko uzbūvi, un ģenētiskās diagnozes, kas iegūtas, analizējot šīs šūnas, var būt nepareizas. Arī procedūra ne vienmēr ir veiksmīga, kas nozīmē, ka reizēm tiek savākts nepietiekams šķidruma daudzums pilnīgai analīzei.