Aktīvā ogle ir izmantota medicīnisku slimību ārstēšanai gadsimtiem ilgi. Pašlaik aktīvās ogles izmantošanas veidi atšķiras atkarībā no tā, vai to ir apstiprinājuši ārsti vai alternatīvās medicīnas praktiķi. Ir veikti pētījumi par ārstēšanas ar aktivēto ogli efektivitāti, un devas ir standartizētas dažām slimībām. Medicīnas speciālisti saka, ka tomēr ir jāveic vairāk pētījumu, lai apstiprinātu pierādījumus par tā efektivitāti citu slimību gadījumā. Visplašāk pieņemtie aktīvās ogles lietojumi ir saindēšanās un pārdozēšanas līdzekļi.
Daži ārsti ārstē pieaugušos ar perorālām aktivētās ogles caurejas devām, lai ātri izvadītu no organisma indes; pacienti, kas saņem šo ārstēšanu, rūpīgi jānovēro, vai nav caurejas. Lielākā daļa ārstu nelieto ogļu caurejas preparātus bērniem, jo pastāv elektrolītu līdzsvara traucējumu risks. Aktivētā ogle nav pretlīdzeklis visām medikamentu pārdozēšanas gadījumiem, taču tā ir efektīva hinīnam, karbamazepīnam un fenobarbitāliem, kā arī citām zālēm, kas uzskaitītas medicīniskajos dokumentos. Izmanto kā pretlīdzekli, aktīvā ogle absorbē organiskās ķīmiskās vielas kuņģī, pirms ķīmiskās vielas var izplatīties pa ķermeni. Tomēr pretlīdzekļa efektivitāte ir atkarīga no uzņemtās indes daudzuma un medicīniskās palīdzības saņemšanas ātruma.
Alternatīvās medicīnas praktiķiem ir citi aktīvo ogli pielietojumi; daži to izmanto kā vispārēju detoksikācijas līdzekli, ārstējot amfetamīna un kokaīna lietošanu izklaides nolūkā, vai pat kā līdzekli pret paģirām alkohola lietošanai. Turklāt tiem, kuru sistēmās uzkrājušies toksīni, ko izraisa ķimikāliju un toksisku vielu iedarbība darbā, praktizētāji izmanto aktīvo ogli kopā ar īpašām diētām un saunām, lai ārstētu imūnsistēmu. Citas aktīvās ogles izmantošanas iespējas ietver cīņu pret asins patogēniem, piemēram, vīrusiem, kaitīgām baktērijām un sistēmiskām infekcijām.
Turklāt aktīvās ogles eksperimentālākas izmantošanas medicīnā joprojām ir pretrunīgas. Viens no šiem lietojumiem ir paredzēts, lai samazinātu žults plūsmu grūtniecēm. Daži farmaceiti un klīniskie tehnologi iesaka to lietot gāzu samazināšanai zarnās. Citi veselības aprūpes speciālisti pat uzskata, ka aktīvā ogle var efektīvi attīrīt asinis no holesterīna; pierādījumi ir bijuši nepārliecinoši agrīnās pārbaudēs par šo savienojuma perorālo preparātu lietošanu.