Medicīnas profesijas izmanto endoskopijas aprīkojumu, lai apskatītu ķermeņa dobumu vai orgānu, izmantojot instrumentu, ko sauc par endoskopu, kas tiek ievietots caur dabisku atveri vai nelielu ķirurģisku atveri. Šīs medicīniskās attēlveidošanas ierīces tiek izmantotas diagnostikā, operāciju laikā un kā līdzeklis anatomijas kursu uzlabošanai. Divas galvenās endoskopijas aprīkojuma kategorijas ir stingri un elastīgi endoskopi. Īpaši endoskopi ir nosaukti apskatāmajām ķermeņa daļām. Kolonoskopu izmanto, lai apskatītu resnās zarnas, ezofagoskopu, lai apskatītu barības vadu, un antroskopu, lai apskatītu locītavas iekšpusi.
Cietie endoskopi nodrošina vislabākās izšķirtspējas attēlus. Tie ir izgatavoti no cietas metāla caurules, izmantojot objektīvus attēlveidošanai un optisko šķiedru apgaismojumam. Cietie endoskopi neliecas un tiek izmantoti, lai skatītu ķermeņa daļas, kas pieejamas stingrai iekārtai. Šāda veida endoskopijas iekārtas izmanto, lai apskatītu locītavas, dažus sieviešu reproduktīvos orgānus un ausis, degunu un kaklu. Kolonoskopi ir vēl viens šāda veida endoskopijas aprīkojuma piemērs.
Elastīgie endoskopi ļauj apskatīt ķermeņa iekšējās daļas, kas nav pieejamas, izmantojot stingru endoskopu. Lēcu vietā tiek izmantota šķiedru optika, izmantojot stikla vai plastmasas šķiedru saišķus. Optiskā skaidrība un izšķirtspēja ir atkarīga no izmantotās šķiedras veida; vislabākās kvalitātes attēlus parasti nodrošina kausētas kvarca šķiedras. Bronhoskopi, ko izmanto, lai apskatītu trahejas un bronhu iekšpusi, ir elastīga endoskopa piemērs.
Laparoskopi ir endoskopijas iekārtu veids, ko galvenokārt izmanto vēdera operācijas laikā. Laparoskopu izmantošana ir padarījusi daudzas ķirurģiskas procedūras mazāk invazīvas. Šo rīku izmanto ne tikai orgānu apgaismošanai un apskatei, bet arī var aprīkot ar instrumentiem, kas palīdz operācijā. Viena veida operācijas, lai samazinātu kuņģa izmēru, izmanto laparoskopu, lai novietotu joslu ap kuņģa daļu. Cistoskops ir ķirurģiskas endoskopijas instruments, kas līdzīgs laparoskopam, ko izmanto urīnpūšļa polipu noņemšanai caur urīnceļiem.
Kapsulas endoskopijā tiek izmantota neliela kamera, kas ievietota kapsulā, kas nav lielāka par tableti. Pacients to norij, un miniatūra kamera ieraksta kuņģa-zarnu trakta attēlus, kurus nevar sasniegt, izmantojot citas endoskopijas iekārtas. Kapsulu var vadīt ar kursorsviru un magnētisko lauku, kamēr tā bezvadu režīmā pārraida attēlus. Šāda veida endoskopija galvenokārt tiek veikta, lai apskatītu tievās zarnas, gremošanas trakta zonu starp kuņģi un resno zarnu, kas nav pieejama, izmantojot augšējo endoskopiju vai kolonoskopu.
Visi medicīnā izmantojamie endoskopi ir noslēgti, lai nodrošinātu sterilizāciju. Veterinārārsti izmanto endoskopijas iekārtas medicīniskām procedūrām tāpat kā ārsti cilvēkiem. Rūpnieciskie endoskopi, kas pazīstami kā boreskopi, izmanto līdzīgu tehnoloģiju kā medicīniskās endoskopijas iekārtas, taču tie nav ražoti, lai izturētu sterilizācijas procedūras. Laparoskopa optikas, apgaismojuma, attēlu attēlošanas un citu funkciju attīstība turpinās, jo tiek attīstītas neinvazīvākas diagnostikas un ķirurģijas tendences.