Tipiskā toksoplazmozes ārstēšana ir sešu nedēļu pretmalārijas zāļu un antibiotiku kurss, un dažādas ārstēšanas metodes ietver tikai dažādas zāles. Lielākā daļa cilvēku, kuriem ir veselīga imūnsistēma, nezina, ka ir inficēti ar toksoplazmozi, jo infekcija neizraisa nekādus slimības simptomus. Ja cilvēks saslimst ar toksoplazmozi, viņam rodas gripai līdzīgi simptomi. Grūtniecēm ir lielāks toksoplazmozes simptomu attīstības risks, un viņas jāpārbauda, ja ir aizdomas par infekciju. Iedzimta toksoplazmoze var izraisīt komplikācijas nedzimušam bērnam, tāpēc topošajai māmiņai parasti tiek uzsākta antibiotiku terapija.
Kura toksoplazmozes ārstēšana tiks nozīmēta, ir atkarīga no tā, vai infekcija ir akūta vai latenta. Abiem veidiem ir nepieciešams lietot pretmalārijas līdzekļus un antibiotikas, lai iznīcinātu patogēnu, kas ir atbildīgs par infekcijas izraisīšanu. Akūta toksoplazmoze attiecas uz jaunu infekciju, un to parasti ārstē ar pirmetamīna un sulfadiazīna kombināciju. Grūtnieces tiek ārstētas ar antibiotiku, ko sauc par spirmicīnu, un šīs antibiotikas lietošana palīdz novērst infekcijas nokļūšanu dzemdē. Pēc mazuļa piedzimšanas var veikt pārbaudes, lai noteiktu, vai viņam nav aktīva infekcija, un, ja mazuļa tests būs pozitīvs, sāksies trīs nedēļu pirmetamīna un sulfadiazīna cikls.
Pretmalārijas pirmetamīns var palielināties līdz toksiskam līmenim asinīs, ja to lieto lielos daudzumos ilgu laiku, tāpēc lielākajai daļai cilvēku tiek nozīmēta folīnskābe, lai novērstu asins toksicitātes attīstību. Pirmetamīns var arī bloķēt folijskābes un citu B vitamīnu uzsūkšanos, tāpēc ārsti izrakstīs to pašu folijskābi, kas tiek lietota, lai novērstu toksicitāti, lai palīdzētu aizstāt folijskābes līmeni organismā. Bieži vien ir nepieciešamas divas šo zāļu lietošanas kārtas, starp ārstēšanas fāzēm pārtraucot zāļu lietošanu divas nedēļas. Medikamentu režīms toksoplazmozes ārstēšanai ir gandrīz universāls visiem pacientiem un parasti ir efektīvs infekcijas likvidēšanā.
Ārstēšana ar toksoplazmozi var ilgt līdz 12 nedēļām. Ja infekcija ir izturīga pret standarta pretmalārijas un antibiotikām, tā kļūst par latentu infekciju, un ir nepieciešama turpmāka ārstēšana. Šīs zāles dažreiz tiek parakstītas pacientiem ar nomāktu imūnsistēmu kā pirmo toksoplazmozes ārstēšanas līniju. Atovakvons un klindamicīns ir divas antibiotikas, ko izmanto, lai iznīcinātu toksoplazmozes cistas, kad citas antibiotikas nedarbojas. Mediķi lielāko daļu laika spēj veiksmīgi ārstēt toksoplazmozi bez paliekošām sekām, taču daži bērni, kas inficēti pirms dzimšanas, var piedzimt ar vieglām infekcijas izraisītām komplikācijām.