Ģenētiski modificēto papaiju plusi un mīnusi ir diskusiju objekts. Kopumā ģenētiski modificēta pārtika parasti ir izturīga pret noteiktiem kukaiņiem un citām invāzācijām. Mīnusi galvenokārt ir saistīti ar faktu, ka šie pārtikas produkti nav bijuši droši ilgtermiņā, tāpēc ir dažas vides grupas un veselības organizācijas, kas uzskata, ka ģenētiski modificēta pārtika var kaitēt cilvēku veselībai, ja to patērē lielos daudzumos.
Ģenētiski modificētās papaijas tika izstrādātas, lai tās būtu izturīgas pret papaijas gredzenplankumainības vīrusu, kas var būt postošs auga kultūrām. Tie ir izstrādāti un šī raksta tapšanas laikā ir pieejami dažādās valstīs. Joprojām ir vairāk valstu, kuras nav ķērušās pie trases, taču nozares amatpersonas cenšas noteikt, kādi pasākumi jāveic, lai tās būtu plašāk pieejamas. Daudzas valstis, kurās pirmo reizi tika pārdotas ģenētiski modificētās papaijas, ir rūpnieciski attīstītas, un jaunattīstības valstis ir starp tām, kuras atpaliek.
Notiek smagas debates par ģenētiski modificētu papaiju un citu pārtikas produktu ražošanu un izplatīšanu. No vienas puses, spēja audzēt vairāk labības, nebaidoties no vīrusiem un citiem patogēniem, kas iznīcina augus, nozīmē, ka kopumā var izaudzēt vairāk pārtikas. Vairāk audzētas pārtikas nozīmē, ka ir vairāk, ko apbraukt. Tas ir svarīgs debašu aspekts, jo pasaules iedzīvotāju skaits pieaug, un tradicionālās kultūras var nebūt pietiekami auglīgas, lai ikvienu pabarotu uz nenoteiktu laiku.
Nelielā mērogā mazāks ražas zudums nozīmē, ka lauksaimnieki var nopelnīt vairāk naudas, lai uzturētu savas ģimenes, pārdodot ražu. Tas ir ļoti svarīgi audzētājiem, kuriem var būt finansiālas grūtības plaši izplatīto ražas zudumu dēļ. Runājot par papaiju, papaijas gredzenplankumainības vīruss var būt ļoti postošs un var iznīcināt visu ražu.
Ģenētiski modificētu papaiju un citu mākslīgi ražotu pārtikas produktu galvenais trūkums ir tas, ka tie nav bijuši droši ilgtermiņā. Dažas veselības organizācijas apgalvo, ka riski cilvēku veselībai ir lieli un ka lielveikalu plauktos ir jāaizliedz visi ģenētiski pārveidotie pārtikas produkti. Citi apgalvo, ka tie ir tikpat droši un veselīgi kā tradicionāli audzētas kultūras. Lietas patiesība kādu laiku var nebūt zināma.