Nav daudz zināmu govju trakuma slimības cēloņu. Faktiski šai slimībai ir tikai viens zināms cēlonis, ko sauc par prionu. Prions ir proteīna veids, kas spēj izraisīt infekciju. Daži cilvēki prionus salīdzina ar vīrusiem, taču tie divi krasi atšķiras; vīrusi ir dzīvi un tos var nogalināt, izmantojot noteikta veida zāles, dezinfekcijas līdzekļus un siltumu, kas rodas gatavošanas laikā. Prioni tomēr nav dzīvi organismi, un tos ir ļoti grūti iznīcināt. Diemžēl cilvēkam vai dzīvniekam, kam diagnosticēta šī slimība, nav efektīvu ārstēšanas iespēju.
Kad cilvēks runā par govju trakuma slimības cēloņiem, viņš patiesībā var domāt pārnešanas metodes, jo patiesībā ir zināms tikai viens slimības cēlonis. Govju trakuma slimības sakne ir viela, ko dēvē par prionu, kas ir unikāls proteīna veids. Vairums cilvēku, dzirdot par olbaltumvielām, domā par veselīgām vielām, bet prioniem ir otrādi. Tie ir infekciozi un var izraisīt nāvējošas smadzeņu slimības.
Lai gan govju trakajai slimībai nav vairāku iemeslu, ir vairāk nekā viena pārnešanas metode. Abas metodes ietver dzīvniekus. Dzīvniekiem slimība attīstās, kad tie patērē barību, kas ir piesārņota ar šīm unikālajām olbaltumvielām. Piemēram, tas var notikt, ja dzīvnieki tiek baroti ar barību, kas satur citu dzīvnieku daļas. Otrā pārnešanas metode rodas, ja cilvēks patērē gaļu, kas satur prionus, kas var izraisīt govju trakuma slimību.
Interesanti, ka tikai daži dzīvnieki, šķiet, ir neaizsargāti pret govju trakuma slimību. Parasti govīm attīstās slimība, ko zinātniski dēvē par liellopu sūkļveida encefalopātiju (GSE). Pēc tam cilvēki saslimst ar šo inficēto govju slimību, kad tās patērē inficēto liellopu gaļu. Diemžēl ēdiena gatavošana neiznīcina infekciozos proteīnus, tāpēc pat pareizi apstrādāta un vārīta liellopu gaļa var saturēt olbaltumvielas un izplatīt slimību.
Diemžēl cilvēki nevar iznīcināt prionus tāpat kā citus infekcijas izraisītājus. Ja vīrusi un baktērijas būtu viens no slimības cēloņiem, varētu būt vieglāk tikt galā ar to; dezinfekcijas līdzekļi, zāles un ēdiena gatavošana augstā temperatūrā iznīcina daudzus slimību izraisītājus. Tomēr šīs metodes nav efektīvas pret prioniem. Turklāt govju trakajai slimībai nav efektīvas ārstēšanas – tā ir letāla.
Ar laiku zinātnieki var atklāt citus govju trakuma slimības cēloņus. Zinātnieki pēta arī citas iespējamās pārnešanas metodes un cenšas noskaidrot, vai dzīvnieki var mantot infekciozās olbaltumvielas. Tomēr pagaidām zināmie vainīgie ir prioni un pārnešana ar pārtiku.