Ja māja ir būvēta ar koka pagrabu, tas būtībā nozīmē, ka mājā ir koka pamati, nevis betona vai akmens pagrabs. Koka pagraba priekšrocības ietver lētākas būvniecības izmaksas, vieglāku stabu vai siju nomaiņu, kā arī iespēju atkārtoti izmantot materiālus, ja māja jebkurā vietā tiek nojaukta. Tomēr no koka izgatavots pagrabs nav tik izturīgs pret ūdens bojājumiem kā betons, un pēc vairāku gadu mitruma iedarbības koksne var sapūt. Šāda veida pagrabs arī nav tik konsekventi izturīgs kā betona pagrabs, lai gan, ja tas ir pareizi uzbūvēts, tas ir pietiekami izturīgs, lai pienācīgi izturētu mājas svaru.
Koka pagrabs būs rūpīgi jāhidroizolē, lai novērstu mitruma iekļūšanu mājā. Tas var būt dārgi un laikietilpīgi, liedzot koka pagraba priekšrocības salīdzinājumā ar betona pagrabu. Betona pagraba sākotnējā celtniecība ir dārgāka, un tā pabeigšana prasa vairāk laika nekā no koka izgatavota pagraba, taču, ja tiek ņemta vērā hidroizolācija, izmaksas un laika salīdzinājums ir diezgan vienmērīgs. Koka pagrabi ir daudzpusīgāki nekā betona pagrabi, un koka pagrabos ir vieglāk veikt izmaiņas pēc to izbūves, taču ilgtermiņā tiem būs nepieciešama lielāka apkope.
Lai gan koka pagrabi noteikti ir piemēroti, lai izturētu mājas svaru, pēc laika dēļi, iespējams, deformēsies zem virs tiem esošo materiālu svara. Pareizi ielejot, betons nesasprādzīsies zem svara, taču pastāv risks, ka pēc gadiem ilgas mitruma un mainīgu laika apstākļu iedarbības tas var saplaisāt. Betons ir arī mazāk jutīgs pret zemes mitrumu nekā koks; koksne būs pienācīgi jāapstrādā un pēc vairākiem gadiem jāatjauno, lai izturētu mitrumu no zemes. Ja māja atrodas apgabalā ar ievērojamām kukaiņu populācijām, koksne ir arī jutīga pret kukaiņu un grauzēju radītiem bojājumiem.
Ideālajam koka pagrabam būs betona plāksne kā pamatne un ūdensnecaurlaidīgs slānis starp koku un zemi ārpusē. Tādējādi tiek novērsta augsnes mitruma problēma, kas ietekmē koksni zem grīdas seguma, un hidroizolācija palīdzēs pagarināt pagraba sienu kalpošanas laiku. Šāda hidroizolācija var būt dārga, un tas nozīmē, ka betona pagrabs var būt tikpat laba izvēle. Estētiski runājot, koka pagrabi ir daudz pievilcīgāki, un ģipškartona pakarināšana vai pagraba logu uzstādīšana būs daudz vienkāršāka, taču par šo ērtību ir jāmaksā.