Zuni indiāņiem ir sena vēsture kā Pueblo indiāņu pēctečiem ASV dienvidrietumos. Cilvēki ir dzīvojuši Zuni apgabalā kopš 2500. gada pirms mūsu ēras Zuni vēsture sākas ar anasazi indiāņiem, kuri dzīvoja Zuni apgabalā 1,000 gadus pirms pirmie eiropieši to sasniedza. Anasazi indiāņi dzīvoja pie upes tagadējā Ņūmeksikas rietumu daļā, un viņi izstrādāja apūdeņotas lauksaimniecības sistēmu un izgatavoja māla traukus un grozus, ko zuni uzlaboja. Apmēram 900. gadu Zuni lauksaimniecības uzlabojumi izraisīja iedzīvotāju skaita pieaugumu, un apmetnes paplašinājās.
Sākot ar 1100. gadiem, zuni cilts uzcēla atšķirīgus laukumam līdzīgus pueblo mājokļus, kas ir izturējuši gadsimtiem ilgi. Iedzīvotāju skaits turpināja palielināties. Kaut kad no 1300. līdz 1500. gadam zuni nodibināja septiņas pilsētas visā reģionā. Šīm pilsētām joprojām ir ciešas saites ar Zuni vēsturi, jo arhitektūra ir palikusi praktiski nemainīga.
1539. gadā spānis Frajs Markoss de Niza ieradās Zuni ielejā, meklējot zeltu un bagātības. Frejs Markoss nosūtīja savu vergu Estebanu uz priekšu, lai runātu ar ciltīm. Estebans vēlējās no ciltīm tirkīza un zuni sievietes; viņa prasības saniknoja zuni, un viņi viņu nogalināja. Frajs Markoss atgriezās Meksikā un stāstīja par “Septiņām zelta pilsētām”, kuras zuni apsargāja. Lai gan šiem stāstiem nebija patiesības pamata, spāņi bija ieintriģēti.
Nākamajā gadā cits pētnieks Fransisko Vaskess de Koronado sāka uzbrukumu Zuni ciemiem ar lielgabaliem un zirgu paukotiem. Viņš ātri pārvarēja Zuni aizstāvjus un ieņēma ciemus. Neatrodot zeltu, Koronado tikai īsu brīdi ieņēma šo apgabalu, pirms devās uz citiem apgabaliem.
Nākamajos simts gados spāņu pētnieki devās cauri Zuni ielejai, meklējot bagātību. Apkārtnē tika izveidota katoļu misija. Daudzas reģiona ciltis satricināja Spānijas kundzību, un 1690. gadā Pueblo indiāņi sāka saskaņotu sacelšanos, ko sauca par Pueblo sacelšanos. Zūni nodedzināja katoļu misiju, nogalinot vienu brāli. Pēc tam cilts atkāpās uz mesu, ko sauc par Dowa Yalanne, kas zuni valodā nozīmē “Kukurūzas kalns”.
Pēc 12 gadiem Dowa Yalanne Zuni parakstīja līgumu ar spāņiem un devās uz mesu. Tā sākās mierīgs periods Zuni vēsturē, ko raksturoja maz kontaktu ar nepiederošām personām. Zuni pameta savus vecos ciematus un uz ziemeļiem no Zuni upes uzcēla jaunu pueblo ar nosaukumu Zuni. Apgabala katoļu misijas nonāca postā.
Tikmēr ASV valdība konsolidēja savu teritoriju dienvidrietumos. 1850. gadā Zuni vecākie devās uz Sante Fe, lai parakstītu līgumu par cilšu zemju aizsardzību. Viņi uzcēla vairāk ciematu un parakstīja miera līgumus ar kaimiņu ciltīm. 1800. gados Zuni sāka kalēju un rotaslietu izgatavošanu; līdz 1870. gadiem cilts bija iemācījusies ielikt tirkīza akmeņus sudraba rokassprādzēs, kaklarotās un gredzenos.
Ap 20.gadsimta miju Zuņu ielejā tika dibinātas vairākas skolas. Katoļu misija tika atsākta 1921. gadā. Zuni sadarbojās ar amerikāņiem, lai šajā apgabalā uzbūvētu dambjus un apūdeņošanas sistēmas, un turpināja izgatavot rotaslietas: 1945. gadā juvelierizstrādājumu tirdzniecība veidoja 65% no zuni cilts naudas ienākumiem.
No 1980. gadiem līdz 2000. gadu sākumam zuni bija iesaistīti vairākās tiesas cīņās, lai kompensētu ASV okupēto cilšu zemi un ierosinājumu atvērt ogļraktuves netālu no svētā Zuni sālsezera. Zuni ieguva kontroli pār ezeru un atmaksāja 25 miljonus ASV dolāru (USD). Cīņa par zuni vēstures saglabāšanu turpinās, jo cilts saglabā savu suverenitāti un paver tās iedzīvotājiem jaunas ekonomiskās iespējas.