Ir divi galvenie mikroskopu veidi. Lielākajai daļai cilvēku pazīstamais skatiens uz paraugu skatās lejup ar gaismas avotu, kas nāk no apakšas, un to sauc par vertikālo mikroskopu. Apgriezts mikroskops skatās uz paraugu ar gaismas avotu, kas nāk no augšas.
Apgrieztos mikroskopus 1850. gadā pirmo reizi izgudroja Tulānas universitātes Dž. Lorenss Smits, un tie debitēja Pasaules izstādē Londonā 1852. gadā. 20. gadsimta sākumā tos sāka izmantot dzīvo šūnu novērošanai, jo īpaši ūdens dzīvībai. To izmantoja arī smago metālu, piemēram, dzelzs un tērauda, analīzei pirms Otrā pasaules kara.
Apgrieztais mikroskops ir visnoderīgākais, aplūkojot smagus priekšmetus vai tos, kurus lielā mērā ietekmē gravitācija. Materiālu paraugi, piemēram, metāls, var būt lieli un smagi. Viņiem ir nepieciešami lieli skatu laukumi, ko pieļauj apgrieztie mikroskopi.
Materiāli, kurus lielā mērā ietekmē gravitācija, ir dzīvās šūnas un ūdens dzīvnieki, kuriem ir tendence apvienoties un savākties paraugu konteineru apakšā. Apgriezts mikroskops aplūko paraugu no apakšas, tādējādi atvieglojot organismu saskatīšanu. Tas arī ļauj lietotājiem redzēt paraugus dabiskākā vidē nekā standarta stikla priekšmetstikliņos. Petri trauciņi nodrošina lielāku paraugu kustību, un tos parasti izmanto ar apgrieztiem mikroskopiem.
Šāda veida mikroskops ir pārveidots un uzlabots, lai pielāgotos īpašiem lietojumiem. Ir posmi, kas īpaši paredzēti tādiem procesiem kā inkubācija un in vitro apaugļošana. Deguna uzgaļi ir padarīti lielāki un grozāmi, lai zinātniekiem būtu vieglāk identificēt un pagriezt objektus. Tie ir arī padarīti smagāki un izturīgāki, nodrošinot mazāku vibrāciju un vieglāku novērošanu.
Ir divu veidu apgrieztie mikroskopi. Parastais apgrieztais mikroskops ir mazs, un tam ir zemas un vidējas jaudas iestatījumi. Tos var izmantot mājās un mazās laboratorijās skolās. Tiem ir ierobežots novērojums, jo parasti tie neļauj precīzi fokusēt un tiem ir salīdzinoši mazs palielinājuma jaudas.
Pētnieciskajam apgrieztajam mikroskopam ir liela jauda, un tas var nodrošināt ļoti precīzu fokusu. To galvenais trūkums ir tas, ka tie ir ārkārtīgi dārgi, un tos parasti izmanto tikai universitātes un medicīnas iestādes. Viņi parasti var uzņemt videokameras un televizorus, lai palīdzētu pētniecības dokumentācijā. Apgrieztā mikroskopa uzlabojumi 20. un 21. gadsimtā ir ļāvuši tam kļūt par progresīvu zinātnisko pētījumu neatņemamu sastāvdaļu.