Centrālais procesors (CPU) ir datora smadzenes. Tas apstrādā visus sistēmas aprēķinus, vienlaikus veicot vienu aritmētisko aprēķinu: saskaitīšanu, atņemšanu, reizināšanu vai dalīšanu. Atmega128® ir mikrokontrolleris, kas izmanto ātrumu aptuveni 1 miljons instrukciju sekundē (MIPS) uz vienu megahercu (MHz) pulksteņa ātruma. Tas nozīmē, ka, darbojoties ar 1.0 MHz, mikroshēma var aprēķināt aptuveni vienu miljonu aritmētisko risinājumu katru sekundi.
Papildus neapstrādātajam pulksteņa ātrumam CPU bez atmiņas nav nekas cits. Ja nebūtu iespējams saglabāt aprēķinātos datus, risinājumi tiktu uzreiz zaudēti. Atmega128® satur 128 kilobaitus iebūvētās zibatmiņas, un papildus tam tajā ir četri kilobaiti elektroniskās dzēšamās programmējamās lasāmatmiņas (EEPROM). EEPROM saglabā binārās ievades izvades sistēmas (BIOS) informāciju datoram, kuram ir pievienota mikroshēma. BIOS darbojas kā zema līmeņa operētājsistēma, kontrolējot sistēmai pievienoto aparatūru.
Atmega128® pievienojas mātesplatei datorsistēmā. Ja centrālais procesors ir sistēmas smadzenes, mātesplate ir mugurkauls: visas datorsistēmas sastāvdaļas savienojas ar to. Atmega128® savienojas ar mātesplati, izmantojot 64 kontaktu savienojumu. Tas nozīmē, ka Atmega128® ir saderīgs tikai ar mātesplatēm, kas atbalsta šo 64 kontaktu savienojumu.
Tāpat kā visām elektroniskajām ierīcēm, Atmega128® darbībai ir nepieciešams vienmērīgs jaudas pieplūdums. Tas darbojas ar spriegumu no 4.5 līdz 5.5 voltiem. Šo jaudu nodrošina datora barošanas avots, un CPU mikroshēmas EEPROM saglabātā informācija, kas iestatīta sistēmas BIOS, nosaka konkrēto sprieguma vērtību.
Atmega128® mikroprocesora maksimālā darbības frekvence ir 16MHz. Atkal, īpašais mikroshēmas ātrums parasti tiek iestatīts, izmantojot ierīces BIOS. Kopumā, jo ātrāk darbojas mikroshēma, jo vairāk enerģijas un siltuma tā ražo. Pie pilna 16MHz ātruma Atmega128® spēs izpildīt 16 miljonus instrukciju sekundē.
Papildus tam, ka ir nepieciešams noteikts sprieguma līmenis, katrai CPU mikroshēmai ir noteikta darba temperatūra. Temperatūra, kas ir zemāka par minimālo, neļaus elektroniskajiem signāliem plūst cauri mikroshēmai, un temperatūra, kas ir augstāka par maksimālo, deformēs pašu mikroshēmu, padarot signālus neiespējamu. Atmega128® diapazons ir no -40 līdz 85 grādiem pēc Celsija (-40 līdz 185 Fārenheita). Tomēr, tāpat kā ar visu elektroniku, braukšana vairāk uz šīs skalas zemāko galu pagarinās mikroshēmas lietderīgās lietošanas laiku.