Augu patogēns ir slimību izraisošs organisms, kas uzbrūk augiem. Augu patogēni ir ieinteresēti vairāku iemeslu dēļ, sākot no bažām par trauslām ekosistēmām un beidzot ar vēlmi aizsargāt pārtikas piegādi. Ir daudzu veidu patogēni, kas var mērķēt uz augiem, tostarp vīrusi, baktērijas, vienšūņi, parazīti, tārpi un arhejas. Cilvēki, kas pēta augu patogēnus, ir pazīstami kā fitopatologi vai augu patologi.
Augu patogēni var uzbrukt dažādos veidos. Daži kolonizē audus augā, citi apmetas uz auga virsmas, bet citi var doties uz noteiktām vietām, piemēram, saknēm, kātiem un lapām. Patogēni parasti izraisa tādas problēmas kā audu nāve, brūnināšana, augļu samazināšanās, problēmas ar ziedu nosēšanos utt. Ārkārtējos gadījumos tie var nogalināt saimniekaugu.
Tāpat kā patogēni, kas uzbrūk cilvēkiem, arī augu patogēni ir ļoti dažādi. Iespējams, ka augu patogēns ir attīstījies, lai uzbruktu noteiktai augu ģints vai sugas, vai plašāk inficētu lielāko daļu augu. Daži augu patogēni izmanto īpašus bioloģiskos procesus, kas var notikt saimnieksugās, bet citi samierinās ar augu izmantošanu mājās, jo tiem ir vērtīgi resursi, piemēram, barības vielas.
Lauksaimniecībā augu patogēni katru gadu rada nopietnus postījumus. Kad augu ir uzbrucis augu patogēns, tā produktus parasti nevar pārdot. Ieguldījumu iekārtā patogēns padara bezjēdzīgu, un parasti ir saistīti lieli izdevumi, lai izskaustu patogēnus no lauka un novērstu citus invāzijas radītos nokrišņus. Dažos gadījumos lauks kļūst tik slims, ka vairākus gadus jāļauj tam nogulēt papuvē, lai tas atveseļotos, pirms tajā atkal mēģina audzēt labību.
Augu patogēns var radīt bažas arī tad, ja tas tiek nejauši ievests vai apzināti ievadīts neaizsargātā ekosistēmā. Dažas salu valstis par to ir īpaši norūpējušās, jo tām ir unikāla flora, kuru var iznīcināt no kontinentālās daļas ievests patogēns. Patogēni var būt arī problēma, kad tie izplatās starp rajoniem; piemēram, patogēns, kas uzbrūk vīnogām un atrodas tikai Eiropā, var radīt lielus draudus, ja tas nonāk vīna darītavās Austrālijā, kuras var nebūt gatavas pārvaldīt patogēnu.
Ekologi ir ieinteresēti pētīt patogēnus, kas var inficēt augus, aplūkojot to ietekmi uz dažādām sugām un ekosistēmām. Kad augi piedzīvo mirstību un citas problēmas, cēlonis bieži ir augu patogēns, un var tikt izsaukts patologs, lai noskaidrotu, kurš patogēns ir atbildīgs, un izstrādātu tā pārvaldības plānu.