Ja bankomāts (ATM) sadarbojas ar banku tīklu, lai apstiprinātu finanšu darījumu, to sauc par bankomātu apstrādi. Tā ir daudzpakāpju darbība, kas aizņem tikai dažas sekundes. Izmantojot tālruņa līnijas un bankas konta ierakstus, iekārta zina, vai kartes īpašniekam ir līdzekļi, lai izņemtu naudu no konta. Apstrāde nenozīmē tikai naudas izņemšanu, jo tā tiek izmantota arī bankas bilances pārbaudei un līdzekļu noguldīšanai.
Bankomāta apstrāde izņemšanas laikā sākas personīgajā bankomātā, kad kartes īpašnieks ievieto bankas karti un ievada šīs kartes slepeno kodu. Kods dod iekārtai atļauju sākt šīs kartes apstrādi. Iekārta jau ir pievienota funkcionālai tālruņa līnijai un izsauc konkrētu bezmaksas numuru, kas nodrošina tai piekļuvi tās bankomātu aliansei. Pēc tam iekārta nodrošina savu termināļa identifikācijas numuru, lai tīkls zinātu iekārtas atrašanās vietu.
Nākamreiz ar banku tiek sazināties bankomāta apstrādes laikā. Visām bankām ir īpaša līnija, līdzīgi kā internets, kas iet caur tālruņu sistēmu un ļauj bankomātiem piekļūt noteiktai konta informācijai. Izmantojot karti un tai atbilstošo slepeno kodu, banka pārbaudīs konkrēto kontu, lai pārbaudītu tā līdzekļus.
Banka pārbauda kartes īpašnieka kontu, lai pārliecinātos, ka tajā ir pietiekami daudz naudas, lai segtu pieprasīto izņemšanu no bankomāta, tostarp bankomāta maksas. Ja konts tiek notīrīts, banka šajā bankomāta apstrādes posmā nosūta ziņojumu atpakaļ uz kases automātu. Šis ziņojums ļauj automātam izsniegt naudu kartes īpašniekam. Pārsteidzoši, ka šis process parasti ilgst mazāk nekā minūti, parasti tikai dažu sekunžu jautājums. Pirms daudziem gadiem, kad tiešsaistes tehnoloģijas vēl bija neapstrādātas, apstrāde prasīja daudz vairāk laika, taču tagad tā notiek gandrīz acumirklī.
Bankomāta apstrāde visbiežāk tiek saistīta ar naudas izņemšanu, taču bankomāts var veikt arī citus pienākumus. Iekārtas, kas saistītas ar kartes turētāja banku, parasti pieņem noguldījumus. Tie darbojas apgrieztā veidā, ņemot vērā čekus un informējot banku, lai tā pievienotu norādīto summu kartes īpašnieka kontam. Vēl viena apstrādei nepieciešama metode ir konta atlikuma pārbaude. To parasti var veikt jebkurā bankomātā, un tiek ievērotas tās pašas apstrādes vadlīnijas, taču čekā tiek izsniegts konta atlikums, nevis tiek piešķirta skaidra nauda.