Baroka periods Eiropā norisinājās no 1600. līdz 1750. gadam, veidojot tiltu starp renesansi un klasicismu. Baroka instrumenti parasti bija tie paši, ko izmantoja renesanses laikā, lai gan daudzi piedzīvoja uzlabojumus, pateicoties tehnoloģiskiem un mehāniskiem jauninājumiem. Baroka periodā attīstījās vijoļu saime, kas aizstāja renesanses laikā ievērojamo stīgu instrumentu vijoļu saimi. Galveno lomu spēlēja taustiņinstrumenti, piemēram, ērģeles un klavesīni. Populāri bija arī pūšaminstrumenti.
Vijoles bija visbiežāk izmantotie baroka instrumenti. Stīgu instrumenti, kas šajā laikā tika spēlēti ar lociņiem, atšķīrās no mūsdienu instrumentiem, jo tiem nebija šķipsnu. Tieši baroka periodā vijoļu ģimene sasniedza savu zenītu. Stradivārs šajā periodā radīja savas vijoles, kuras tiek uzskatītas par šedevriem, kurus neviens amatnieks nav spējis pārspēt. Citi stīgu instrumenti, ko šajā laikā izmantoja ar lokiem, bija čells, alts un kontrabass.
Ģitāra ir vēl viens stīgu instruments, ko izmanto baroka mūzikā. Tam bija no zarnām izgatavotas rievas, kas bija sasietas ap ģitāras kaklu. Šie baroka instrumenti bija mazāki nekā mūsdienās izmantotās ģitāras, un tiem bija deviņas vai desmit stīgas.
Baroka periodā pirmo reizi parādījās orķestri. Trompete un mežrags bija galvenie baroka instrumenti metāla pūšaminstrumentu saimē, ko izmantoja orķestros. Atšķirībā no mūsdienu trompetēm un mežragu, šiem baroka stila instrumentiem nebija nekādu vārstu, izgudrojums, kas radās tikai 19. gadsimtā. Vārstu trūkums ierobežoja misiņa izmantošanu līdz neregulāram uzplaukumam, lai piešķirtu kādu krāsu orķestra skaņdarbiem. Reizēm tika izmantoti arī tromboni, taču šie baroka instrumenti bija mazāki nekā mūsdienās izmantotie tromboni.
Klavesīns, kas tika izgudrots 14. gadsimtā, vislielāko ievērību ieguva baroka periodā Johana Sebastiana Baha skaņdarbos. Lielākajai daļai klavesīnu bija šaurāka un garāka forma nekā klavierēm, kas tika izstrādātas tikai 19. gadsimtā. Nospiežot taustiņus, tika noplūktas klavesīna stīgas. Dažiem klavesīniem bija divas stīgas, kas savienotas ar katru taustiņu, un dažiem bija viena stīga katram taustiņam. Bahs uzrakstīja arī daudz skaņdarbu ērģelēm.
Obojas, flautas un fagoti bija visizplatītākie baroka koka pūšaminstrumenti, un joprojām tika izmantota blokflautas, kas ir saglabājies no Renesanses laika. Daudzas baroka laikmeta flautas tika konstruētas tā, ka mūziķis vienā galā iepūta iemutnī, nevis pūta pāri mūsdienu flautas spēlēšanas veidam. Koka pūšaminstrumenti šajā laikmetā tika izgatavoti no koka.