Bioloģiskie aģenti ir vīrusi, baktērijas un sēnītes, kuras var izmantot bioloģiskajā karā vai bioterorismā. Plašs infekcijas izraisītāju loks varētu tikt izmantots kā bioloģiskie aģenti, un vairākas valstis ir veikušas plašas pētniecības programmas, lai identificētu šādus aģentus un izstrādātu metodes, kā reaģēt uz bioloģiskiem uzbrukumiem. Tāpat kā kodolieroči un ķīmiskie aģenti, bioloģiskie aģenti tiek uzskatīti par masu iznīcināšanas ieročiem.
Vairākas pazīmes atšķir bioloģisko aģentu no parasta infekcijas vai slimību izraisoša organisma. Bioloģiskie aģenti bieži ir nāvējoši, un tie ir ļoti efektīvi pat nelielos daudzumos. Viņus ir arī ārkārtīgi grūti nogalināt, un tie spēj plaši un ātri izkliedēties lielā teritorijā. Viņi var darboties dažādos veidos. Daži izdala toksīnus, kas nogalina cilvēkus un dzīvniekus, savukārt citi kaut kādā veidā uzbrūk ķermenim, izraisot nervu sistēmas bojājumus, akūtu asiņošanu, plaušu problēmas, caureju un citus simptomus.
Pastāv vairākas bažas par bioloģiskajiem aģentiem. Pirmais ir tas, ka bioloģisko organismu izdalīšanos ir ļoti grūti kontrolēt. Ja terorists, piemēram, kādā valstī izlaida Sibīrijas mēri, tas varētu ātri izplatīties uz kaimiņu reģioniem vai tikt pārnēsāts vēl tālāk ar strūklu. Bioloģiskie aģenti arī neatšķir civiliedzīvotājus, karavīrus, draugus un ienaidniekus, un tie var radīt nopietnus ilgtermiņa bojājumus, piemēram, piesārņot zemi un ūdensceļus.
Daudzas valstis ir parakstījušas līgumus, kuros tās ir vienojušās atturēties no bioloģisko aģentu izmantošanas karadarbībā un iznīcināt šādu aģentu krājumus. Tomēr bioloģisko aģentu pētniecības programmas joprojām plaukst daudzās valstīs, pamatojoties uz argumentu, ka cilvēkiem ir jābūt gataviem apzinātai vai nejaušai bioloģiskā aģenta izlaišanai. Dažu programmu drošība ir apšaubīta, jo īpaši pēc atklāsmēm par zagtu bioloģisko materiālu, kas 20. gadsimta beigās tika iegūts no laboratorijām Krievijā.
Lai gan starptautiskā sabiedrība ir piekritusi, ka bioloģisko aģentu izmantošana ir jāaizliedz, teroristi šādu vienošanos nav parakstījuši, un tas rada lielas bažas. Dažus bioloģiskos aģentus ir ļoti viegli iegūt un kultivēt, un laboratorijas visā pasaulē brīvi piegādā bioloģiskos materiālus pētījumiem. Rezultātā teroristi varētu viegli uzsākt uzbrukumu ar bioloģiskiem aģentiem sev izvēlētajā mērķa reģionā. Pretterorisma programmās visā pasaulē ir īpašas vienības, lai uzraudzītu dažādu potenciāli bīstamu organismu pārdošanu, un šīs programmas arī veic laboratoriju drošības auditu likumīgās laboratorijās un veic regulāru bioloģisko aģentu skrīningu cilvēkiem un precēm, kas šķērso starptautiskās robežas.