CNC maršrutētāja programmatūra ir tas, kas atšķir datoru ciparvadības (CNC) koka maršrutētāju no cita veida maršrutētājiem. CNC maršrutētāja programmatūrā tiek izmantota datorizētās projektēšanas (CAD) programmatūra, datorizētās ražošanas (CAM) programmatūra vai abu kombinācija. Lai gan ir vairākas programmatūras, kas ietilpst šajās kategorijās, tās visas būtiski atšķiras pēc asīm. Ja ir pieejamas tikai divas asis, var veikt tikai divdimensiju darbu, un, ja ir trīs asis, var īstenot trīsdimensiju projektus.
Lai gan visu CNC maršrutētāja programmatūras instrukciju apguve var aizņemt diezgan ilgu laiku, tās darbības pamatveids ir diezgan vienkāršs. Persona, kas strādā ar CNC maršrutētāju, ievadīs vektorgrafikas un koordinātu kopu savā CAD/CAM programmatūrā, kas atbilst projektam, kuru viņš plāno ražot. Tā kā dators, no kura darbojas CNC maršrutētāja programmatūra, ir savienots ar pašu maršrutētāju, programmatūras programmā ievadītās komandas tiks pārsūtītas uz maršrutētāja asmeņiem, kas projekta laikā veic fizisko darbu.
Katru no šiem asmeņiem var uzskatīt par tādiem, kas darbojas uz noteiktas ass. Koordinātas, kas tiek ievadītas CNC programmatūras programmā, norāda maršrutētājam pozīcijas gar asīm, kurās tam jāatrodas katrā laika posmā noteiktā intervālā. X ass un Y ass koordinātas pavēlēs divdimensiju izgriezt objektu, piemēram, dizainu uz galda virsmas. Trīsdimensiju darbs tiek veikts pa Z asi. CNC programmatūrā Z ass koordinātas var pārsūtīt komandas uz maršrutētāja asmeņiem, kas rada ne tikai trīsdimensiju objektus, piemēram, sfēras, bet arī iekšējos trīsdimensiju griezumus, kas būtu nepieciešami, piemēram, izdobjot cilindru.
Tirgū ir pieejami arī citi koka maršrutētāju veidi, piemēram, apgriešanas maršrutētājs, fiksētas bāzes maršrutētājs un iegremdējamais maršrutētājs, taču CNC maršrutētājs izceļas kā vienīgais, ko kontrolē datora programmatūra. Visiem pārējiem ir asmeņi un instrumenti, kas ir jānovieto un jāpārvieto cilvēkam, kurš pats strādā ar maršrutētāju. Viņš, iespējams, nepārvieto pašus asmeņus, bet viņš kustina mašīnu daļas, kas kontrolē asmeņu kustību. Citos maršrutētājos ir noteikti iestatījumi, kurus var izmantot, lai norādītu noteiktu dziļumu un griezumu veidus, taču, tā kā maršrutētāja asmeņu kustībā ir iesaistītas cilvēka rokas, rodas iespēja kļūdīties. Trīcošas rokas un nepareizas acs aplēses nerada problēmas ar CNC maršrutētāju, jo CNC maršrutētāja programmatūra diktē noteiktas kustības, pamatojoties uz ievadīto vektorgrafiku un koordinātām; visu darbu veic pats maršrutētājs, kas savus norādījumus saņem no programmatūras.