Dārzniekiem ir pieejami vairāki dabiskie pesticīdi kukaiņu apkarošanai, bet salīdzinoši maz dabisko herbicīdu nezāļu vai citu invazīvu augu izskaušanai. Tas, kas pastāv, var nodarīt vairāk ļauna nekā laba, ja tos izmanto nepareizos apstākļos. Tomēr ir augi, kas darbojas kā dabiskie herbicīdi, piemēram, melnais valrieksts, saulespuķes, sārņi un plankumainais vīgriezes. Šie augi izdala ķīmiskas vielas, kas var iznīcināt citas tuvumā augošas augu sugas. Atsevišķu augu darbību šādā veidā sauc par alelopātiju.
Pētniekus ļoti interesē augu alelopātiskās īpašības, jo ķīmiskās vielas, kas ir atbildīgas par dabiskajiem herbicīdiem, bieži var izolēt un rafinēt komerciālai lietošanai. Piemēram, zinātniekiem izdevās iegūt herbicīdu ķīmisku vielu, ko sauc par katehīnu, no plankumainās nezāles, invazīvas nezāles, kas sastopamas Amerikas Savienoto Valstu rietumos, saknēm. Šo ķīmisko vielu var sintezēt lielākā mērogā un izmantot vairākiem citiem invazīviem augiem. Daudzi šādi herbicīdi ir selektīvi, kas nozīmē, ka to ķīmiskās vielas nogalina tikai konkrētus augus, nevis visu, ko tie pieskaras.
Vēl viena populāra dabiskā herbicīda suga ir melnais valriekstu koks. Eļļas, kas iegūtas no koku lapām, bieži izmanto komerciāli ražotos herbicīdos. Saulespuķēs atrodamo ķīmisko vielu ekstraktus var izmantot arī dārznieki, kas strādā bioloģiski.
Citus dabiskos herbicīdus galvenokārt izmanto, lai kontrolētu nezāļu augšanu komerciālā zālienā, piemēram, golfa laukumos un ierīkotos zālienos. Šie herbicīdi tiek uzskatīti par pirmsdīgšanas līdzekļiem, kas nozīmē, ka tie iznīcina citus augus dīgtspējas stadijā, pirms augs var izveidoties saknes. Viens no tiem ir kukurūzas lipekļa milti, kas sākotnēji tika izstrādāti kā barotne sēnīšu audzēšanai. Pētnieki atklāja, ka tas kavē arī citu augu, īpaši nezāļu un stiebrzāļu, dīgšanu, tāpēc to parasti lieto zālājiem dīgšanas fāzē, nedēļas pirms pirmās zāles vai nezāļu stublāja parādīšanās.
Turpinās pētījumi, lai atklātu vairāk dabisko herbicīdu. Daži lauksaimniecības eksperti ir novērojuši alelopātiskas parādības parastajiem kultūraugiem, piemēram, ziemas rudziem un kviešu salmiem. Ir zināms, ka, piemēram, rudzu augi ietekmē noteiktu dārzeņu augšanu. Daži pētnieki uzskata, ka rudzu pārseguma kultūra vai vismaz rudzu saturoša mulča varētu palīdzēt iznīcināt nezāles starp sojas pupu kultūrām. Uz graudiem balstītus herbicīdus var modificēt, lai iznīcinātu invazīvos augus, vienlaikus saudzējot svarīgos kultūraugus.
Dabiskie herbicīdi var izklausīties pievilcīgāki nekā to ķīmiskie kolēģi, taču tie joprojām ir indīgas vielas, kas var ietekmēt cilvēkus un mājlopus. To lietošanai var būt nepieciešami tādi paši drošības pasākumi kā komerciālo herbicīdu lietošanai, tāpēc cilvēkiem, kas tos lieto, nekad nevajadzētu jaukt terminu “bioloģisks” ar “netoksisku”.