Frēzmašīnas galveno rotējošo komponentu, kas nodod jaudu griezējinstrumentam, sauc par frēzēšanas vārpstu. Frēzēšana ir apstrādes process, kurā apstrādājamo gabalu pārvieto attiecībā pret rotējošu instrumentu ar griešanas malām, lai noņemtu materiālu. Frēzēšanas vārpstai griežot griezējinstrumentu, darbs tiek ievadīts tajā no dažādiem virzieniem, veidojot vēlamo formu.
Griešanas instrumentiem parasti ir taisnas vai konusveida daļas vienā no to galiem, bet griešanas malas atrodas instrumenta otrā galā. Gals, kas atrodas pretī griešanas galam, ir uzstādīts frēzēšanas mašīnas vārpstā, lai izlīdzinātu un atbalstītu instrumentu un nodrošinātu jaudu un rotāciju. Ir pieejami dažādi vārpstas adapteri, uzmavas un citi instrumenti instrumenta uzstādīšanai frēzēšanas vārpstā.
Frēzēšanas vārpstas var novietot gan horizontāli, gan vertikāli, atkarībā no konkrētās izmantotās frēzes. Vertikālā mašīnā vārpsta ir uzstādīta paralēli dzirnavu atbalsta kolonnai bīdāmā galviņā, kas var pārvietoties uz augšu un uz leju. Daudzām mūsdienu vertikālajām frēzēm ir galviņas, kuras var pagriezt, lai novietotu frēzēšanas vārpstu griešanai leņķī.
Frēzēšanas vārpsta horizontālā iekārtā parasti ir fiksētā stāvoklī ar motoru, kas atrodas dzirnavu kolonnā. Horizontālajai mašīnai vārpstu parasti nevar pārorientēt, kā to pieļauj dažas vertikālās mašīnas. Tomēr horizontālajai mašīnai var būt galds, ko var pagriezt, lai mainītu vārpstas leņķi attiecībā pret sagatavi. Dažās iekārtās var izmantot vertikālu vārpstas stiprinājumu, lai horizontālo frēzi pārveidotu par vertikālu konfigurāciju.
Frēzēšanas vārpstas ātrums ir jāiestata atbilstoši iekārtas drošai darbībai un lai izvairītos no instrumenta vai sagataves bojājumiem. Dzirnavu ražotāji var sniegt ieteicamās vērtības vai arī tās var aprēķināt konkrētajam izmantotajam instrumentam un apstrādātajam materiālam. Ātrums parasti tiek iestatīts, izmantojot iekārtas skalu vai rokas kloķi. Mūsdienu iekārtas var nodrošināt nepārtrauktu regulēšanu, izmantojot dažādu ātrumu, savukārt vecākiem modeļiem var būt ierobežots skaits konkrētu iestatījumu.
Noteiktos apstākļos frēzmašīnas var ciest no pārmērīgas vibrācijas, ko sauc par pļāpāšanu. Pļāpāšana var apgrūtināt vai padarīt neiespējamu precīzu apstrādi, kā arī sabojāt lietojamo instrumentu. Biežs pļāpāšanas cēlonis ir tad, ja vārpstas ātrums ir iestatīts pārāk augsts. Ja ātruma samazināšana neizlabo stāvokli, problēmas cēlonis var būt nelīdzsvarots instruments, vaļīgs stiprinājums vai kāda cita problēma.
Vienkāršai frēzēšanai var būt tikai viena frēzēšanas vārpsta, savukārt sarežģītākām mašīnām var būt vairākas vārpstas. Vairāk nekā viena vārpsta ļauj veikt griešanu divās vai trīs dimensijās, nepārvietojot sagatavi. Mūsdienu datorizētās ciparvadības (CNC) mašīnas, ko izmanto sarežģītās frēzēšanas darbībās, bieži ietver trīs vai vairāk frēzēšanas vārpstas ātrākai ražošanai un lielākai caurlaidspējai.