Kreisais un labais bazālais ganglijs, kas atrodas dziļi smadzeņu centrā, ieskauj talāmu un veido būtisku priekšējo smadzeņu daļu. Tiek uzskatīts, ka šie gangliji ir simetriski pēc struktūras un funkcijas. Lai gan zināšanas par smadzeņu traucējumiem, kas ietekmē kreiso bazālo gangliju, ir bagātīgas, pārliecinoša, saskaņota teorija par tās darbību vēl nav parādījusies. Tiek uzskatīts, ka šis smadzeņu reģions ir iesaistīts izpildfunkcijās, mācībās un emocijās. Eksperimentālie pētījumi liecina, ka šie gangliji ir iesaistīti aktivitātes izvēlē, aktivitāšu pārslēgšanā un kustībā, taču joprojām nav skaidrs, kā tas izmanto savu inhibējošo aktivitāti, lai aktivizētu motoros neironus.
Visbiežāk sastopamie traucējumi, kas ietekmē kreiso bazālo gangliju, ir Hantingtona slimība un Parkinsona slimība. Abus šos nosacījumus raksturo kustību anomālijas, kā arī kognitīvās elastības un izpildfunkcijas samazināšanās. Tas apstiprina teoriju, ka šis smadzeņu reģions ir atbildīgs par daudzveidīgu un sarežģītu uzdevumu klāstu smadzenēs.
Tourette sindroms un obsesīvi-kompulsīvi traucējumi arī ir saistīti ar kreisā bazālā ganglija disfunkciju. Tas nav pārsteidzoši, jo daudziem neirozinātniekiem ir aizdomas, ka aktivitātes maiņu un atlasi var izraisīt arī šī smadzeņu daļa. Secinājumi, ka šajā reģionā var būt atkarība, sniedz papildu atbalstu teorijai, ka šie gangliji regulē motivāciju un uzvedības mācīšanos.
Tas varētu palīdzēt izskaidrot šī reģiona nozīmi mugurkaulnieku smadzenēs. Katrai mugurkaulnieku sugai ir vismaz kreiso bazālo gangliju rudimentārie elementi. Tas norāda, ka tam, iespējams, ir svarīga loma kustībās, uzvedībā un primitīvos motivācijas impulsos.
Daži eksperti uzskata, ka kreisā bazālā ganglija inhibējošā neirotransmitera gamma-aminosviestskābes (GABA) izmantošana lielākajā daļā tās neironu stimulējošā neirotransmitera glutamāta vietā apgrūtina tās funkcijas izpratni. Šie neironi veic savu darbību, kavējot savu mērķu darbību, tāpēc ir neskaitāmas iespējas mainīt to ietekmes pazīmes. Tas rada iespēju vēl vairāk teoriju par to, kuras neironu grupas strādā kopā, lai panāktu savu ietekmi.
Neskatoties uz GABA nozīmi ganglijos kopumā, vienā no tās sekcijām ir augsta holīnerģisko neironu koncentrācija. Šūnas striatumā, lai gan tās kopumā veido tikai nelielu daļu no šiem ganglijiem, gandrīz vienīgi izmanto ierosinošo neirotransmitera acetilholīnu. Ievērojams daudzums neironu reģionā izmanto arī dopamīnu. Tiek uzskatīts, ka šis ir neiromediators, kas mazina gan motivāciju, gan atkarību, kā arī spēlē lomu Parkinsona slimības progresēšanā, tāpēc nevar pārvērtēt tā nozīmi kopējā kreisā bazālo gangliju funkcijā.