Mikroorganismu patoģenēze ir process, kurā mikroorganisms izraisa slimību. Mikroorganismi, kas spēj izraisīt mikrobu patoģenēzi, ir baktērijas, sēnītes un vīrusi. Šo organismu formas, kas izraisa slimības, sauc par patogēniem. Mikrobu patoģenēze izseko slimības izcelsmi un cēloni, kā tā izpaužas organismā un kā organisms uz to reaģē.
Cilvēka organismā ir četri galvenie patoģenēzes veidi. Iekaisums ir audu pietūkums organismā, jo problēma tiek risināta un inficētie audi tiek aizstāti. Ļaundabīgais audzējs ir patoloģiska šūnu reprodukcijas attīstība, kas bieži sastopama vēža gadījumā. Audu sabrukšana vai nekroze ir šūnu nāve ārpus normālā šūnu cikla. Infekcija notiek, kad šūnas tiek inficētas ar baktērijām, sēnīšu sporu vīrusiem.
Infekcijas ir visticamākā mikrobu patoģenēzes forma, lai gan infekcijas blakusprodukts var rasties iekaisumi. Jebkuru šādu infekciju var iedalīt trīs plašās kategorijās. Akūta infekcija ir salīdzinoši īsa, ierobežota un ar ātru sākumu. Hroniska infekcija ir ilgstoša, un ar to ir grūti tikt galā. Atkārtota infekcija var sākties ātri vai lēni, taču tā pazūd it kā izārstēta, lai vēlāk atgrieztos.
Katra infekcija ar mikrobu patoģenēzi notiek trīs plašos posmos. Tie ir sākotnējā infekcija, vairošanās un sugas turpinājums. Pēdējie divi ir galvenie jebkuras infekcijas iemesli. Mikroorganismam ir nepieciešams lielāks organisms, piemēram, cilvēks, lai tas varētu vairoties un izplatīties. Pavairošana vai replikācija bieži notiek šūnā.
Mikroorganisma mērķis, tiklīdz tas ir sācis vairoties, ir izvadīt no ķermeņa savas versijas, pirms ķermeņa pašaizsardzības spēki to iznīcina. Ķermenis parasti reaģē, izmantojot balto asins šūnu, ko sauc arī par makrofāgiem, un antivielu maisījumu. Tāpēc mikroorganisms mēģinās izkļūt no ķermeņa, lai inficētu kādu, kura imūnsistēma nav izveidota tā, lai to nekavējoties atvairītu.
Tas nozīmē, ka infekcijas sākotnējā fāze un pārnešanas beigu fāze ir neizdzēšami saistītas — ir četri galvenie veidi, kā mikrobu patoģenēze var pārnest no vienas personas uz otru. Pirmais ir caur aerosoliem, piemēram, ūdens pilieniem klepojot un šķaudot. Otrais ir ar norīšanu vai ar fekālijām. Trešo pārnēsā slimības pārnēsātāji, tāpat kā tos pārnēsā citi dzīvnieki, piemēram, odi un ērces. Ceturtais galvenais ceļš ir ķermeņa šķidrumu apmaiņa seksa laikā, asins pārliešana un skūpstīšanās.
Infekcijas panākumi ir atkarīgi arī no daudziem faktoriem. Viens no faktoriem ir mikroorganisma raksturs un veids, kā tas atkārtojas. Vēl viens ir inficētās personas imūnsistēmas stāvoklis. Ja indivīdam iepriekš ir bijis kontakts ar mikroorganismu, iespējams, organisms būs labi sagatavots, lai to atvairītu.