Vārds “mikroflora” attiecas uz dzīvu mikroskopisku organismu kopumu, kas plaukst dzīvu radījumu orgānos. Šie mikrobi, kas pastāv tādās vietās kā kuņģis, rīkle un maksts, ietver sēnītes, baktērijas un vīrusus; tie darbojas kā aizsarglīdzekļi, kas stiprina imūnsistēmu vai destruktīvi līdzekļi, kas novājina organismu. Dažās vietās atrodas mikroflora, kurā ietilpst vīrusi un tārpi. Mikrofloras, ko sauc arī par mikrobiotu, iemītnieki var būt labvēlīgi vai ļaunprātīgi atkarībā no tā, vai tie ir anaerobi vai aerobi. Saknes vārds “flora” liek domāt, ka mikroflora attiecas uz mikrobiem, kas dzīvo ziedos; Tomēr šis vārds ir attīstījies, lai galvenokārt apzīmētu ekosistēmas dzīvnieku iekšienē.
Labvēlīgos un barojošos mikrobus lielākajā daļā mikrofloru parasti sauc par probiotikām; tie ir anaerobi. Bifidobaktērijas un laktobacilli ir divas no visbiežāk sastopamajām probiotikām daudzu dzīvnieku mikroflorā. Laktobacillus piesaista vide, kurā ir daudz cukura un cietes. Tie ražo pienskābi, kas, pēc daudzu ārstu domām, baro muskuļus ar papildu enerģiju; dažos ķermeņa reģionos laktobacilli ražo dezinfekcijas līdzekli ūdeņraža peroksīdu. Laktobacilli baktērijas, kas galvenokārt atrodas zarnās, maksts un urīnceļos, palīdz organisma pozitīvajai mikroflorai atvairīt patogēnus, kas ir slimību izraisītāji.
Bifidobaktērijas, līdzīgi kā laktobacilli, apdzīvo arī zarnas un maksts, radot aizsargājošu pienskābi. Šīs baktērijas ir zināmas kā čūlu un caurejas novēršana, ja tās pastāv pietiekami daudz. Tie arī palīdz mazināt sāpes krūtīs, ekzēmu un gripu. Vēzis, hepatīts un rauga infekcijas palīdz arī bifidobaktērijas.
Mikroflora ir vislabākā, ja tā ir līdzsvarota. Ikreiz, kad probiotiku attiecība ir šķība, kaitīgo baktēriju, piemēram, stafilokoku, rauga sēnīšu un streptokoku, augstās koncentrācijas dēļ var rasties infekcijas un slimības; orgāni var arī pārstāt darboties pareizi. Slikts uzturs, slimības un medikamenti, piemēram, ķīmijterapija, var iznīcināt labās baktērijas un iznīcināt mikrobiotas līdzsvaru. Ģenētika, vides piesārņotāji un stress var arī iznīcināt baktēriju attiecības.
Lai atjaunotu šo līdzsvaru vai regulāri to saglabātu, daudzi cilvēki papildina savu uzturu ar pulvera vai kapsulu piedevām, kas satur probiotikas. Pareiza deva ir atkarīga no indivīda un ķermeņa pašreizējās labo un slikto baktēriju attiecības. Daudzi lietotāji eksperimentē, pakāpeniski palielinot ieteicamo devu, līdz pamana infekcijas, kairinājuma vai enerģijas līmeņa izmaiņas.
Raudzēti pārtikas produkti, piemēram, jogurts un alkohols, bieži vien var pievienot labvēlīgu mikrofloru. Mātes piens nodrošina augstu probiotiku līmeni zīdaiņu mikrobiotai. Labo baktēriju attiecība pret sliktajām baktērijām zarnās un citur organismā parasti ir 85–15 procenti gan zīdaiņiem, gan pieaugušajiem.