Molekulmasas marķieris ir molekula, ko izmanto, lai novērtētu to molekulu lielumu, kuras pakļautas gēla elektroforēzei. Tas ir paņēmiens, kurā DNS, RNS vai olbaltumvielas tiek atdalītas pēc izmēra, izmantojot elektrisko strāvu uz gēla. Šo terminu nevajadzētu jaukt ar molekulārajiem marķieriem ģenētikā — apgabalos, kuros organisma DNS atšķiras no pārējās populācijas un to var identificēt ar DNS zondi.
Olbaltumvielu molekulmasas marķierus parasti izmanto, ja proteīnus atdala ar gēla elektroforēzi. Molekulmasas marķieris ir zināmas molekulmasas proteīnu grupa, ko parasti nodrošina biotehnoloģijas uzņēmumi noteiktā lieluma diapazonā. Izmēru diapazonu izvēlas, pamatojoties uz pētāmajiem paraugiem. Molekulmasas marķieri tiek ielādēti kopā un izdalīti palaišanas laikā. Izmērot marķieru nobraukto attālumu un interesējošo proteīnu, var noteikt eksperimentālā proteīna lielumu.
Dažādus marķieru veidus var vizualizēt dažādos veidos. Daži no molekulārajiem marķieriem ir nemarķēti un ir iekrāsoti gēlā ar pārējiem proteīniem. Tie nav redzami, kamēr visa želeja nav nokrāsota. Cita veida olbaltumvielu molekulārie marķieri ir iepriekš iekrāsoti ar krāsām, un katrs proteīna veids ir citā krāsā. Atdalīšanās ir redzama, želejai darbojoties.
Viena no iepriekš iekrāsota molekulmasas marķiera priekšrocībām ir Western blots. Šī ir metode, kurā olbaltumvielas tiek pārnestas uz membrānu un pēc tam iekrāsotas ar antivielām, lai noteiktu konkrētu proteīnu. Krāsu marķieru izmantošana palīdz noteikt, vai proteīnu pārnešana ir pabeigta, pirms tiek turpināta pārējā procedūra.
Molekulmasas marķierus parasti izmanto, lai analizētu DNS uz gēliem. Bieži DNS molekulārie marķieri tiek izgatavoti no bakteriālā vīrusa lambda. Restrikcijas enzīmus ražo baktērijas, lai sagremotu iebrūkošo organismu DNS, un restrikcijas enzīmu HindIII bieži izmanto, lai noārdītu lambda DNS. Tas rada virkni dažāda izmēra, reproducējamu fragmentu, kas pazīstami kā DNS kāpnes. Salīdzinot attālumu, kas noskriets pēc standartiem logaritmiskā skalā, var noteikt analizējamo DNS fragmentu lielumu.
Šo DNS molekulmasas marķieri var izmantot, lai analizētu DNS lielumu, kas iegūts gēnu izolācijas laikā, kā arī gēnu inženierijas eksperimentos. To var izmantot arī polimerāzes ķēdes reakcijas (PCR) laikā, kurā tiek pastiprināts neliels DNS vai RNS daudzums, lai iegūtu lielu produkta daudzumu. PCR metodes parasti tiek saistītas ar paternitātes pārbaudi un tiesu ekspertīzi, taču tās ir ļoti izplatītas arī medicīniskajos un fundamentālajos bioloģiskajos pētījumos. Mazākiem produktiem, kas iegūti no dažiem PCR vai mazām RNS molekulām, ir pieejami īpaši molekulmasas marķieri.