Kas ir Northern Blot?

Messenger RNS ir nukleīnskābes veids, kas tiek ražots, kad tiek ekspresēts gēns. Gēns, kas ir ieslēgts un funkcionē šūnā, tiek transkribēts mRNS. Pēc tam mRNS tiek transportēta uz šūnas citoplazmu, kur tā tiek pārveidota par proteīnu. Tāpēc šūnu mRNS parauga Northern blot analīze var sniegt noderīgu informāciju par šūnu ražoto olbaltumvielu masīvu.

Ziemeļu blotā mRNS ekstrahē no šūnām un laiž cauri denaturējošā agarozes gēla elektroforēzei, kas ļauj paraugā atdalīt mRNS atbilstoši izmēram. Lai nodrošinātu kontroli, vienlaikus tiek palaisti zināmu izmēru mRNS molekulu paraugi. Kad elektroforēze ir pabeigta, paraugus pārnes un imobilizē uz cietas membrānas, kas parasti ir izgatavota no tāda materiāla kā neilona. Pēc tam paraugus pirms analīzes vairākas stundas pakļauj radioaktīvi iezīmētām zondēm. Analīzes laikā mRNS, kas ir hibridizējusies ar radioaktīvi iezīmētu zondi, var skaidri noteikt, izmantojot rentgenstaru.

Ziemeļu blotēšanas tehnika ļauj novērot gēnu ekspresijas modeļus starp dažādiem audu veidiem. Var salīdzināt no dažādu audu un orgānu tipu šūnām iegūto Messenger RNS, kā arī pārbaudīt šūnu reakcijas uz stresu, infekciju un daudziem citiem stimuliem. Aplūkojot atšķirības mRNS ekspresijā dažādos apstākļos, zinātnieks var noteikt, kāda veida olbaltumvielas šūna ražo, reaģējot uz noteiktiem stimuliem. Tas var sniegt norādes par nezināmu proteīnu funkcijām vai zināmu proteīnu gadījumā informāciju par šūnu reakcijām uz attiecīgajiem stimuliem.

Piemēram, ziemeļu blots var parādīt, ka nezināma proteīna ekspresija palielinās, reaģējot uz konkrēta toksīna klātbūtni. Pēc tam varētu teorētiski pieņemt, ka proteīns ir iesaistīts toksicitātes samazināšanā, iespējams, transportējot ķīmisko vielu no šūnas vai pārvēršot to metabolītā. Ja tiek pārbaudīti zināmi proteīni, olbaltumvielu ekspresijas izmaiņu dokumentēšana var sniegt informāciju par pašu reakciju. Ja, piemēram, palielināta zināma molekulārā transportētāja ekspresija, varētu apstiprināt, ka šūnu reakcija uz toksīnu ir toksīna transportēšana no šūnas.