Rāpuļu smadzenēm saskaņā ar klasisko smadzeņu zinātnes teoriju ir atbilstošas struktūras zīdītāju, tostarp cilvēku, smadzenēs. Saskaņā ar “trīsvienīgo smadzeņu” teoriju rāpuļu smadzenes, kuras nodarbojas ar instinktiem un izdzīvošanu, attīstījās pirmās evolūcijas vēsturē. Radības, piemēram, zīdītāji, uz reptiļu smadzeņu pamata izveidoja sarežģītākas smadzeņu struktūras, ļaujot domāt, emocijas un pašapziņu. Smadzeņu pētījumi kopš tā laika ir parādījuši, ka trīsvienību smadzeņu teorija labākajā gadījumā ir pārāk vienkāršota; tomēr tas joprojām ir populārs plašsaziņas līdzekļos un plašākā sabiedrībā.
Sešdesmitajos gados neirozinātnieks un ārsts Pols D. Maklīns pētīja smadzeņu struktūras, atklājot, ka bazālie gangliji, struktūru grupa cilvēka smadzeņu pamatnē, atgādināja ķirzaku un citu rāpuļu smadzenes. Tas kopā ar zināšanām, ka bazālie gangliji ir spēcīgi iesaistīti motoriskajās funkcijās, lika Maklīnam domāt, ka smadzeņu attīstība atbilst evolūcijas attīstībai. Rāpuļi vispirms attīstījās evolūcijas vēsturē, kam sekoja zīdītāji un pēc tam cilvēki, tāpēc viņš uzskatīja, ka smadzenes tāpat var sadalīt daļās, pamatojoties uz attīstības sarežģītību.
Maklīna teorijā bazālie gangliji, ko viņš sauca par rāpuļu smadzenēm, kontrolēja tādus pamata instinktus kā agresija un teritorialitāte, uzvedību, ko var novērot rāpuļiem, kā arī zīdītājiem, tostarp cilvēkiem. Smadzeņu starpstruktūras, ko viņš sauca par “limbisko sistēmu”, kontrolēja augstākas funkcijas, kas nepieciešamas mazuļu audzēšanai, bet nebija nepieciešamas rāpuļiem, kuri parasti dēj olas, nevis dzemdē un audzina dzīvus mazuļus. Neokortekss, kas sastopams tikai augstākajiem zīdītājiem, ļāva cilvēkiem attīstīt valodu, spriešanu un apzinātu domu.
Turpmākie atklājumi smadzeņu un dzīvnieku zinātnē ir parādījuši, ka trīsvienības smadzeņu teorija nav precīzs modelis. Tādas radības kā putni, piemēram, spēj izmantot elementārus rīkus un valodu, neskatoties uz to, ka tiem nav neokorteksa. Kopš tā laika tika atklāts, ka dažas smadzeņu funkcijas, kuras kādreiz kontrolēja rāpuļu smadzenes, ir saistītas ar dažādām smadzeņu zonām. Evolūcijas attīstība arī nav tik vienkārša, kā kādreiz domāja, vēl vairāk apstrīdot MacLean attīstības modeli.
Trīsvienīgās smadzenes un rāpuļu smadzenes joprojām ir populārās kultūras un uzskatu par smadzeņu funkcijām elementi. Astrofiziķa Karla Sagana populārzinātniskais bestsellers “Ēdenes pūķi” septiņdesmitajos gados sniedza plašu atklāšanu trīsvienību smadzeņu teorijai. Savā revolucionārajā grafiskajā romānā “Elektra Assassin” komiksu mākslinieks Frenks Millers savam varonim Elektrai piešķīra spēju darboties tikai ar savām “rāpuļa smadzenēm”, ļaujot viņai briesmu klātbūtnē rīkoties instinktīvi un nesaudzīgi.