Ņemot vērā medicīniskās procedūras jutīgo raksturu, pacientiem pēc amniocentēzes ieteicams izvairīties no jebkādas smagas aktivitātes. Lai gan amnija šķidruma pārbaude parasti ir ambulatorā procedūra, pārmērīga fiziskā aktivitāte var izraisīt komplikācijas, kas apdraud gan pacienta, gan augļa veselību. Tomēr ieteicamais atpūtas periods ir salīdzinoši īss, un pacientiem vajadzētu būt iespējai veikt parastās aktivitātes 72 stundu laikā. Pacientiem arī jāsagatavojas iespējamām blakusparādībām pēc amniocentēzes, tostarp krampjiem un nelielai asiņošanai. Pacientiem arī jāņem vērā smagu komplikāciju pazīmes, piemēram, ūdeņaini izdalījumi vai augsts drudzis, un nekavējoties jāmeklē medicīniskā palīdzība, ja šīs pazīmes parādās.
Amniocentēze, kurā no grūtnieces dzemdes tiek iegūts neliels amnija šķidruma paraugs augļa infekciju vai ģenētisku anomāliju pirmsdzemdību diagnostikai, amnija maisiņā tiek izveidots neliels punkcija. Lai gan brūce ir gandrīz nenozīmīgi niecīga, pastāv risks, ka smagas darbības rezultātā punkcija vēl vairāk plīsīs. Pēc amniocentēzes pacientiem ieteicams dažas stundas atpūsties. Lai gan dažas slimnīcas ļauj pacientiem braukt mājās uzreiz pēc procedūras, eksperti iesaka pacientiem īsi atpūsties, lai anestēzijas ietekme izzustu, kā arī ļautu brūcei sadzīt laiku.
Pacientiem pēc amniocentēzes jāizvairās no tādu uzdevumu veikšanas kā smagu celšanu un fizisko slodzi. Daži eksperti iesaka, ka maksimālais pacientu svars, kas jāatļauj nest, ir 15 mārciņas (aptuveni 6.8 kilogrami). Pacientiem arī jāizvairās no dzimumakta un ceļošanas ar lidmašīnu pēc amniocentēzes. Lielākā daļa ārstu piekrīt, ka ir droši atgriezties pie šīm aktivitātēm aptuveni 72 stundas pēc procedūras.
Dažiem cilvēkiem pēc procedūras būs nelielas blakusparādības. Sievietes, reaģējot uz ekstrakciju, parasti izjūt nelielus krampjus, taču tiem ir tendence izbalināt, kad durta brūce sadzīst. Pacientiem jābūt sagatavotiem higiēnas paketēm vai tamponiem, ja procedūras rezultātā rodas neliela asiņošana. Vairumā gadījumu asiņošana aprobežojas ar vieglu smērēšanos.
Pacientiem arī jābūt modriem attiecībā uz vairāk nopietnu komplikāciju pazīmēm pēc amniocentēzes. Ja pēc procedūras kāds pamana skaidrus izdalīšanos vai smagu asiņošanu no maksts, tas var liecināt, ka amnija maiss ir plīsis un sācis noplūst. Pacientiem jādodas uz tuvākās slimnīcas neatliekamās palīdzības numuru un nekavējoties jāmeklē palīdzība. Tas pats notiek, ja pacientam ir intensīvi krampji vai stipras sāpes vēderā vai viņam attīstās neparasti augsts drudzis. Indivīdiem arī nekavējoties jāmeklē medicīniskā palīdzība, ja viņiem ir aizdomas par jebkādām grūtniecības izmaiņām pēc amniocentēzes.