Vēsturnieki ir vienisprātis, ka 19. gadsimtā Jakoba un Vilhelma Grimi ierakstītā stāsta par Hamelīnas pīpieru pamatā ir faktisks notikums 1284. gadā, kad lielākā daļa Hamelinas bērnu pazuda. Tomēr neviens precīzi nezina pazušanas iemeslu. Ir postulēti daudzi scenāriji, daži biežāk nekā citi.
Stāsts par Pied Piper pirmo reizi tika attēlots vitrāžā no apmēram 1300. gada. Agrākais rakstiskais stāsts ir datēts ar 15. gadsimta vidu. Lielākajai daļai cilvēku ir pazīstama brāļu Grimmu versija no 1800. gadiem, un folkloristi savam stāstam izmantoja 11 dažādus avotus.
Stāsta Grimma versijā Pied Piper, pazīstams arī kā Rattenfaenger jeb žurku ķērājs, parādās Hamelinas pilsētā žurku invāzijas vidū un piedāvā atbrīvot pilsētu no kaitēkļiem. Viņš ar apburtu cauruli ievilina žurkas upē, kur tās visas noslīkst, taču pilsētnieki atsakās viņam maksāt šiliņu par žurku, kā solīts. Viņš pamet Hamelinu, bet pēc dažām nedēļām atgriežas, lai atriebtos. Savā otrajā vizītē uz Hamelinu, Pied Piper izmanto savu burvju pīpi uz pilsētas bērniem, ievedot tos bedrē kalnā pilsētas malā un aizzīmogojot tos iekšā. Pilsētā palikuši tikai divi bērni, viens akls un viens klibs, jo nevarēja izsekot pīpētājam.
Daži uzskata, ka bērnu pazušanas iemesls bija epidēmijas negadījums. Šīs teorijas sniedz jēgu dažiem brāļu Grimmu versijas elementiem, jo aizzīmogošana kalnā var liecināt par lielu zemes nogruvumu vai žurkas varētu būt atsauce uz mēri. Tomēr Eiropas melnās nāves epidēmija sākās tikai 14. gadsimtā, un žurkas nav parādītas Pied Piper stāsta versijās pirms 16. gadsimta beigām, tāpēc mēra teorija ir maz ticama.
Cita epidēmijas teorijas nozare apgalvo, ka bērni kļuva par upuriem kādai slimībai, kas lika viņiem dejot, piemēram, Hantingtona slimībai vai citai horejas formai. Tā kā Hantingtona slimība ir ģenētiska slimība, maz ticams, ka visi pilsētas bērni būtu cietuši. Ir arī izteikts pieņēmums, ka dejošana stāstā Pied Piper ir piemērs plaši izplatītajai viduslaiku tēmai Danse Macabre jeb Nāves dejai ar pīpieru kā Nāvi priekšgalā. Viduslaikos nāve bieži tika attēlota daudzkrāsainā vai raibā tērpā.
Cita teorija apgalvo, ka bērni aizbrauca militāras kampaņas vai bērnu krusta kara laikā, un šajā gadījumā Pied Piper pārstāv viņu vadītāju vai vervētāju. Tas bija visplašāk pieņemtais skaidrojums līdz 1950. gadiem. Mūsdienās lielākā daļa vēsturnieku uzskata, ka, visticamāk, Hamelina bērni ir aizbraukuši lielā skaitā, lai nodibinātu savas kolonijas Austrumeiropā, atkal kopā ar vadītāju, ko personificēja Pied Piper. Tomēr joprojām pastāv domstarpības par to, kur tieši viņi apmetās.
Brāļu Grimmu stāsts, kā arī Roberta Brauninga 1842. gada dzejolis par šo tēmu vēsta, ka Hamelina bērni kļuva par Transilvānijas dibinātājiem. Jaunākie vēsturnieki ir ierosinājuši, ka bērni veidoja kolonijas Mērenā, Oelmucā vai Ueckermarkā Austrumeiropā. Vietu nosaukumi apgabalos uz austrumiem no Hamelinas, kā arī dokumentācija par daudzām pilsētām, kas tika dibinātas ap šo laiku, apstiprina šo teoriju.
Tieši tas, kas notika Hamelinā 1284. gadā, iespējams, uz visiem laikiem ir pazudis vēsturē, taču, lai arī kas tas būtu, šķiet, ka tas ir bijis pietiekami traumējošs, lai tā liecinieki labprāt aizmirstu detaļas. Dažādās leģendas, ko iedvesmojis notikums, ir vienīgais konkrētais ieraksts, kas mums, visticamāk, kādreiz būs.