Mikroviļņu krāsns noteikti ir bijis vispretrunīgākais no visiem ar virtuvi saistītajiem izgudrojumiem. Liela daļa no bažām, kas saistītas ar mikroviļņu drošību, ir saistītas ar vienas radiācijas daudzumu. Vārdam “radiācija” mums ir visdažādākās konotācijas, dzīvojot tāpat kā kodolenerģijas laikmetā. Darbības laikā mikroviļņu krāsns rada starojumu, taču ir svarīgi definēt, kas ir starojums un kādus draudus tas rada cilvēkiem, ja tādi ir.
Zinātniski runājot, starojums sastāv no jebkuriem viļņiem, kas veido daļu no elektromagnētiskā spektra. Redzamā gaisma, radio un televīzijas signāli un infrasarkanie stari, ko izmanto tālvadības pultis, ir visi starojuma veidi. Mūs zināmā mērā pastāvīgi ieskauj jebkura veida starojums. Kā vairums cilvēku zina, daži starojuma veidi, piemēram, rentgenstari, pietiekami lielos daudzumos var būt bīstami vai pat letāli. Radiācijai, ko izmanto mikroviļņu krāsnis, ir ļoti garš viļņa garums, tāpēc tas nav redzams mūsu acīm. Tomēr tas ir tieši īstajā viļņa garumā, lai ierosinātu ūdens molekulas, tādējādi tās uzsildot, un tas savukārt sasilda jebkuru ēdienu, kas atrodas mikroviļņu krāsnī.
Lielākā daļa mikroviļņu starojuma, ko rada mikroviļņu krāsnis, atrodas pašā krāsnī, kamēr tā darbojas. Var izplūst neliels daudzums, un tas ir normāli un nerada bažas. Jebkura no mikroviļņu krāsnīm radītajām sekām vai apdraudējumiem ir diezgan viegla, salīdzinot ar bīstamākiem enerģijas veidiem, piemēram, gamma stariem un rentgena stariem. Galvenais objekta pakļaušanas mikroviļņu iedarbībai rezultāts ir tas, ka tas tiks uzkarsēts. Tāpēc apdegumi ir galvenais mikroviļņu radītais apdraudējums, tāpat kā jebkas cits, kas ēdiena pagatavošanai izmanto siltumu.
Kādreiz bija tā, ka neliela mikroviļņu noplūde varēja traucēt sirds elektrokardiostimulatoriem, ja kāds ar elektrokardiostimulatoru pārāk ilgi stāvēja pārāk tuvu mikroviļņu krāsnim. Tie, kas izstrādā elektrokardiostimulatorus un to izmantotās baterijas, kopš tā laika ir novērsuši lielāko daļu šo problēmu, lai gan nav garantijas, ka nepareizi funkcionējoša mikroviļņu krāsns nevarētu radīt zināmas briesmas. Lai gan lielākā daļa mikroviļņu krāsnis ir pilnīgi drošas lietošanai, būs jāveic vairāk pētījumu, lai noteiktu, kas ir drošs mikroviļņu starojuma līmenis. Tas var aizņemt kādu laiku, jo ir grūti izpētīt, kāda ir ļoti zema radiācijas līmeņa ietekme cilvēka dzīves laikā.