Lielākajai daļai pacientu, kuri lieto beta sitosterīnu, nebūs nekādas blakusparādības. Citiem var rasties vieglas blakusparādības, kas parasti aprobežojas ar diskomfortu kuņģa-zarnu traktā. Tomēr pacientiem ar noteiktiem jau esošiem stāvokļiem var rasties nopietnas blakusparādības, kas var izraisīt vai saasināt sirds slimību. Tāpat kā ar jebkuru medikamentu, alerģiska reakcija ir viena no iespējamām beta sitosterīna blakusparādībām, un tai nepieciešama tūlītēja medicīniska palīdzība.
Visbiežāk sastopamās blakusparādības ietekmē pacienta gremošanas sistēmu un parasti rodas tikai pacientiem, kuri lieto vairāk beta sitosterīna, nekā iesaka ārsti. Šīs sekas var ietvert krampjus, gremošanas traucējumus, pārmērīgu gāzu veidošanos un sliktu dūšu. Šīs piedevas lietošanas rezultātā pacientiem var būt arī aizcietējums vai caureja. Lietojot beta sitosterīnu, vemšanu parasti nenovēro, lai gan pacienti, kuriem ir nosliece uz vemšanu, to var darīt sliktas dūšas sākumā. Lielākoties pacienti, kuri saskaras ar šīm iespējamām blakusparādībām, nav nopietni noraizējušies un turpina lietot uztura bagātinātāju, kā norādīts.
Vīriešiem var rasties arī beta sitosterīna seksuālas blakusparādības. Ir zināms, ka šis papildinājums samazina dzimumtieksmi un izraisa erektilās disfunkcijas. Šie simptomi izzūd, kad pacients pārtrauc lietot beta sitosterīnu, un parasti tie nerada bažas, īpaši, ja pacients lieto šo piedevu tikai īsu laiku.
Beta sitosterīns var arī apdraudēt pacienta spēju absorbēt gan E vitamīnu, gan karotīnus. Šīs beta sitosterīna blakusparādības var izraisīt neiroloģiskas problēmas vai ilgstošas veselības komplikācijas. Abas šīs iespējamās sekas ir saistītas ar vitamīnu deficītu, nevis pašu beta sitosterīnu, un to var novērst, papildus lietojot E un A vitamīnu. Lai novērstu deficītu, pacienti var ēst arī pārtiku, kas ir bagāta ar šiem vitamīniem.
Reti nopietnas alerģiskas reakcijas var rasties kā beta sitosterīna blakusparādības. Alerģiskas reakcijas pazīmes ir izsitumi vai nātrene, sejas vai mutes pietūkums, apgrūtināta elpošana un sirdsdarbības ātruma vai asinsspiediena izmaiņas. Pacientiem ar šiem simptomiem nekavējoties jādodas pie ārsta, lai varētu ārstēt alerģisko reakciju.
Pacientiem ar sitosterinēmiju var rasties arī nevēlamas beta sitosterīna blakusparādības. Šiem pacientiem beta sitosterīns var izraisīt sirds slimību vai saasināt jau esošu sirds slimību. Tas notiek tāpēc, ka pacientiem ar sitosterinēmiju organismā jau ir pārāk daudz beta sitosterīna, kas var aizsprostot artērijas un sabojāt sirdi.