Prostaglandīnu ietekme uz gludajiem muskuļiem ļauj šo hormonu izmantot glaukomas un noteiktu išēmisku traucējumu ārstēšanai. Prostaglandīni, kas sastāv no nepiesātinātām taukskābēm, regulē jonu plūsmu šūnu līmenī, un tos var izmantot kā darba indukcijas līdzekli. Nesteroīdie pretiekaisuma līdzekļi (NPL) parasti darbojas kā prostaglandīnu antagonisti, lai samazinātu drudzi, iekaisumu un sāpes. Šīs darbības bieži izraisa arī kuņģa-zarnu trakta traucējumus. Prostaglandīnu lietošana vienlaikus ar NSPL samazina iespējamās kuņģa blakusparādības.
Travaprosts pieder zāļu grupai, kas pazīstama kā prostaglandīnu analogi, kas atdarina lipīdu savienojumu iedarbību. Zāles parasti tiek parakstītas, lai neitralizētu intraokulāro spiedienu, kas parasti ir saistīts ar atvērta leņķa glaukomu. Prostaglandīnu analogi sastāvā efektīvi palielina uveosklera aizplūšanu, samazinot spiedienu. Ievadot intravenozi, indivīdi, kuri cieš no išēmiskiem traucējumiem, tostarp Reino sindromu, piedzīvo mazāk un retāk lēkmes. Vazodilatācijas efekts, ko rada prostaglandīnu gludo muskuļu relaksācija, palielina asins plūsmu un samazina ar išēmiju saistītos simptomus.
Ārsti var lietot PGE1 vai alprostadilu, lai uzturētu ductus arteriosis atvēršanos zīdaiņiem, kuriem diagnosticēti šie ar sirdi saistīti stāvokļi, līdz ķirurģiskai iejaukšanās brīdim. Kanāls parasti nodrošina asins plūsmu no plaušu artērijas, lai apietu plaušas un atgrieztos aortā nedzimušam bērnam. Šis vārsts parasti aizveras neilgi pēc piedzimšanas, taču tas var radīt stresu zīdaiņiem, kuri cieš no sirds vai plaušu anomālijām. Šīs atveres saglabāšana samazina sirds slodzi un apiet bojātos asinsvadus.
Vīrieši, kuriem ir erektilā disfunkcija, var arī saņemt Alprostadil receptes. Tā kā zāles parasti atslābina artēriju gludos muskuļus, palielinās asins plūsma dzimumloceklī. Ar atbilstošu vai palielinātu asins plūsmu vīrieši parasti sasniedz erekciju. Medikamentu var injicēt tieši dzimumlocekļa kavernozā vai granulu veidā ievietot urīnizvadkanāla atverē.
Medikaments dinoprostons, ko ievada vagināli želejas vai svecīšu veidā, parasti izraisa dzemdības. Prostaglandīnu hormoni, kas pazīstami kā PGE2, atslābina dzemdes gludās muskulatūras šķiedras, kas nogatavina dzemdes kaklu, izraisot paplašināšanos un retināšanu. Preparāts parasti arī ierosina dzemdes kontrakcijas. Dzemdību ārsti var izmantot arī PGE2 pēc dzemdībām, lai uzturētu dzemdes tonusu. Kad dzemde zaudē tonusu vai spēju pareizi sarauties, palielinās asins plūsma, kas var izraisīt asiņošanu.
NPL parasti kavē prostaglandīnu iedarbību. Daži no šiem efektiem parasti aizsargā jutīgo kuņģa-zarnu trakta gļotādu. Mīnus šīs aizsargājošās īpašības var rasties čūlas. Misoprostols ir prostaglandīnu analogs, kas palielina bikarbonātu un gļotu veidošanos. Paaugstināta gļotādas aizsardzība samazina NPL izraisītu iekšēju ievainojumu iespējamību.