Neatkarīga aptieka pieder un to pārvalda individuālais īpašnieks vai mazo uzņēmumu īpašnieku grupa. Šāda veida aptiekas parasti nav saistītas ar mazumtirdzniecības ķēdi vai zīmolu, ja vien tā nav franšīzes atrašanās vieta. Īpašnieki un operatori nodarbojas ar uzņēmējdarbību paši, un viņiem ir jāizstrādā savas mārketinga un klientu apkalpošanas stratēģijas. Dažas neatkarīgas aptiekas var piederēt nacionālai vai vietējai organizācijai, kas palīdz tām nodrošināt piegādes cenas ar atlaidēm un izmantot racionalizēta izplatīšanas tīkla priekšrocības.
Galvenā atšķirība starp neatkarīgu aptieku un aptiekas atrašanās vietu, kas ir daļa no mazumtirdzniecības ķēdes, ir tā, ka uzņēmumu pārvalda atsevišķa persona vai neliela personu grupa. Tā vietā, lai saņemtu norādījumus no uzņēmuma biroja vai garantētu algu, neatkarīgs farmaceits uzņemas finansiālos un vadības pienākumus, kas saistīti ar uzņēmuma piederību. Tas ir līdzīgi kā neatkarīga pārtikas veikala, apdrošināšanas aģentūras vai suņu kopšanas pakalpojuma īpašnieks. Lai gūtu peļņu un uzturētu darbību, farmaceitam parasti ir jāizstrādā biznesa plāns, kas kontrolēs izdevumus un radīs atbilstošus ieņēmumus.
Neatkarīgas aptiekas personālu parasti pieņem darbā un pārvalda īpašnieks. Bieži vien īpašnieks strādās ilgāk nekā personāls, īpaši aptiekas pastāvēšanas sākumposmā. Īpašniekiem ir jāizlemj, cik darbinieku uzņēmums var atļauties, kā arī viņu grafiku, atalgojuma likmi un darbinieku pabalstu paketi. Daži operatori iegādājas esošu uzņēmumu no cita īpašnieka, izveido savu atrašanās vietu vai iegādājas franšīzes atrašanās vietu ar zināmu zīmolu.
Arī izdevumus un piegādes pasūtīšanu parasti pārvalda neatkarīgas aptiekas īpašnieks. Piemēram, visu nepieciešamo aprīkojumu, tostarp kases aparātus un piegādes transportlīdzekļus, iegādājas un apkopj uzņēmuma īpašnieks. Dažās valstīs ir nacionālās asociācijas, kurām neatkarīgas aptiekas var pievienoties, lai palīdzētu tām risināt sarunas ar apdrošināšanas kompānijām un recepšu medikamentu piegādātājiem. Šīs asociācijas parasti uztur lielu izplatīšanas tīklu, kas piegādā pasūtīto produktu uz neatkarīgām vietām, kas var līdzināties lielāka uzņēmuma iekšējai izplatīšanai.
Neatkarīgas aptiekas īpašnieks ir atbildīgs arī par reklāmas un klientu apkalpošanas stratēģiju izstrādi. Pakalpojuma ziņā īpašnieks parasti izlemj, kā vieta atšķirsies no mazumtirdzniecības ķēdes konkurentiem. Lielāka personalizācijas pakāpe ir izplatīta klientu apkalpošanas stratēģija, jo mazo uzņēmumu īpašniekiem var būt ierobežots reklāmas budžets. Viena no galvenajām īpašnieka priekšrocībām ir iespēja īstenot savas idejas un galu galā noteikt savu darba grafiku.