Labākā mikroskopa pakalpojuma izvēle ir atkarīga no klienta īpašajām vajadzībām. Mikroskopijas pakalpojumi var specializēties dažādās jomās, tostarp bioloģiskajā izpētē, patēriņa preču novērtēšanā un tiesu ekspertīzē. Nozarēm var būt pieejams mikroskopijas aprīkojums, taču tām ir nepieciešama apmācība par iekārtu lietošanu vai paraugu sagatavošanu. Laboratorijas un neatkarīgi uzņēmumi piedāvā apmācību kursus un instrukciju materiālus, lai apmierinātu šīs vajadzības, savukārt citi mikroskopa pakalpojumi pārdod aprīkojumu, piederumus un mikroskopa remonta pakalpojumus.
Izmantojot augstas izšķirtspējas elektronu mikroskopus, bioloģiskā mikroskopa pakalpojums var atrast baktērijas, vīrusus vai citus mikrobus, kas nav redzami ar neapbruņotu aci. Šo laboratoriju sniegtie pakalpojumi bieži ietver aizdomīgu organismu noteikšanu paraugā vai jaunu mikrobu celmu identificēšanu. Pakalpojumi parasti ietver mikrogrāfiju vai mikroskopisko organismu fotogrāfijas un rakstiskus ziņojumus, kas var ietvert novērojumu pierakstus. Šie pakalpojumi parasti ilgst divas līdz četras nedēļas, un maksa atšķiras atkarībā no paraugu skaita un nepieciešamās pārbaudes veida.
Rūpnieciskā mikroskopa pakalpojums var nodrošināt pakalpojumus uzņēmumiem, kas ražo mājsaimniecības vai personīgās higiēnas preces. Izmantojot optiskos mikroskopus, šīs laboratorijas parasti mikroskopiski analizē produktu paraugus, lai pierādītu efektivitāti. Tehniķi var novērot matu paraugus pirms un pēc rezultātiem vai novērtēt ādas paraugus, lai noteiktu dažādu produktu radītās reakcijas. Optiskie mikroskopiskie pakalpojumi var ietvert arī šķiedru, šķiedru vai porainu materiālu un polimēru identificēšanu, ko izmanto kā sastāvdaļas rūpnieciskos izstrādājumos.
Dažas mikroskopu pakalpojumu laboratorijas piedāvā digitālo un gaismas mikroskopiju vai elektronu mikroskopiju, lai analizētu un identificētu materiālus dažādām problēmām, sākot no autobūves līdz ūdens kvalitātes inženierijai. Tiek nodrošināti arī kriminālistikas mikroskopiskie pakalpojumi. Laboratorijas var identificēt ķīmiskās atliekas, kas palikušas pēc ugunsgrēka vai sprādziena, un tehniķi var veikt ķīmisku un savstarpēju saskaņošanas analīzi matiem un šķiedrām no vardarbīgu noziegumu vietām. Tiesu medicīnas speciālisti var arī identificēt augsnes paraugus un saskaņot materiālus ar noteiktām ģeoloģiskajām vietām.
Dažas laboratorijas piedāvā personīgus un tiešsaistes apmācības kursus elektronu mikroskopisko iekārtu lietošanai un metodēm, kas nepieciešamas paraugu fiksēšanai un sagatavošanai. Šajos kursos aplūkotās tēmas ietver metodes, kas nepieciešamas paraugu dehidratācijai un kriofiksācijai. Norādījumi var ietvert arī paņēmienu, kā sagatavot paraugus plānas šķēles vai šķērsgriezuma apskatei, vispirms iestrādājot paraugus sveķos.
Kad uzņēmumi apsver iespēju iegādāties mikroskopa aprīkojumu, daži mikroskopa pakalpojumi piedāvā informāciju un ieteikumus par mikroskopa aprīkojuma veidu, kas varētu atbilst uzņēmuma vajadzībām. Šie uzņēmumi parasti pārdod piederumus, kas ietver gaismas avotus un digitālo programmatūru, kas paplašina skatīšanās metodes. Mikroskopu mazumtirgotāji bieži sniedz norādījumus par noteikta veida aprīkojuma uzstādīšanu un lietošanu.