Mutes mikrobioloģija ir baktēriju, sēnīšu un vīrusu izpēte, kas kolonizē muti. Šī niecīgā cilvēka flora bieži dzīvo cieši kopā želatīna masās, kas pazīstamas kā bioplēves. Lai gan tradicionāli par mutes dobuma patoloģijām ir atbildīgi specifiski baktēriju celmi, kas izraisa smaganu slimības un zobu bojāšanos, mutes mikrobioloģija ir sarežģīta. Viena mikroorganisma darbība un ietekme var ietekmēt cita mikroorganisma darbību un ietekmi, un visa kolonija veido savu mazu ekosistēmu mutes dobumā. Zinātnieki turpina uzzināt vairāk par dažādu veidu mikrobu nozīmi, kas atrodami veselās un neveselīgās mutēs.
Mutes mikrobioloģijas izpēte ir apgrūtināta, jo daudzi mikroorganismi, kas kolonizē muti, laboratorijas apstākļos neizaugs. Pēdējā laikā sasniegumi baktēriju identificēšanā ir ļāvuši savākt un identificēt mikroorganismus no to DNS. Šī metode ir izmantota cilvēka mikrobioma projektā, kura mērķis ir kartēt visas baktērijas, kas parasti atrodas organismā. Konstatēts, ka dažādu mikroorganismu skaits mutē sasniedz vairāk nekā 700.
Mijiedarbība starp dažādiem mikroorganismiem var nozīmēt, ka daži mikrobi rada faktorus, kas kavē vai veicina citu augšanu. Baktērija, kas pazīstama kā S. mutans un kas ražo skābi, kas izraisa zobu samazinājumu, var mazāk apdraudēt veselību, ja tā dzīvo blakus citai baktērijai, kas ražo sārmainu vielu. Tām baktērijām, kuras mēdz būt agrīnās mutes kolonizētājas, piemīt īpašas spējas, kas ļauj tām pielipt pie zobiem un smaganām, savukārt vēlākos ieceļotājus paļaujas uz pieķeršanos agrīnajiem kolonizētājiem.
Pētniekiem turpinot uzzināt vairāk par mutes mikrobioloģiju, šķiet, ka vienkārša aplikuma, kas satur mikroorganismus, noņemšana var nebūt labākā atbilde uz smaganu un zobu slimībām. Noņemot visus mikrobus, tiek atstāta vieta, kuru pēc tam varētu kolonizēt kaitīgāki mikroorganismi. Tas varētu aizstāt līdzsvarotu baktēriju sajaukumu, kas, iespējams, neradīja draudus veselībai, jo dažu mikrobu potenciāli kaitīgo ietekmi neitralizēja vai kavēja citi apkārtējie.
Daži mutes dobuma mikrobioloģijas pētnieki ir ierosinājuši, ka noderīgas baktērijas varētu izmantot, lai mainītu mikrobu līdzsvaru mutē. Ja mutes dobumā varētu ievadīt dzīvas baktērijas, kas kavētu skābi veidojošo mikrobu augšanu un nekaitīgi tos aizstātu, tas varētu palīdzēt samazināt zobu bojāšanos. Vēl viena kaitīgo baktēriju noņemšanas metode būtu uzbrukums tām ar pretmikrobu vielām. Tie būtu piesaistīti molekulām, kas saistās tikai ar kaitīgajām sugām.