Vairākām kafijas dzērāju paaudzēm ir teikts, ka viņi samazina kafijas daudzumu, ko viņi patērē, pamatojoties uz pieņēmumu, ka tas kaitē viņu veselībai. Liela daļa aizspriedumu par kafiju lielā mērā ir balstīta uz lielo kofeīna daudzumu dzērienā. Tomēr pētījumi liecina, ka kafijai var būt arī daži ieguvumi veselībai, ja to patērē mērenībā — trīs līdz četras tases dienā. Pastāv bažas par to, ka pārāk daudz kafijas var izraisīt sirdsdarbības ātruma palielināšanos, taču daži pētnieki uzskata, ka kafijas ieguvumi veselībai var atsvērt riskus. Daži kafijas ieguvumi veselībai var ietvert samazinātu vēža, diabēta, Parkinsona slimības un žultsakmeņu slimības risku, kā arī paātrinātu vielmaiņu.
Pētījumi liecina, ka kafijai var būt pretvēža īpašības. Daži pētījumi liecina, ka aknu vēža risks ir samazināts par 50 procentiem. Pētījumi arī parāda zināmu korelāciju citu vēža, piemēram, resnās zarnas un krūts vēža, samazināšanā.
Tiek uzskatīts, ka kafijas ieguvumi diabēta slimniekiem ir divkārši. Pētījumi liecina, ka tas var samazināt diabēta risku pat par 50 procentiem. Vēl viens kafijas efekts ir vielmaiņas ātruma palielināšanās miera stāvoklī, kā arī, iespējams, cukura līmeņa pazemināšanās asinīs. Tas var uzlabot cukura diabēta slimnieku veselību, kā arī novērst šīs slimības rašanos tiem, kuri neslimo.
Tiek uzskatīts, ka kafijai ir arī nozīme vīriešu aizsardzībā pret Parkinsona slimību, un regulāri kafijas lietotāji mazāk cieš no žultsakmeņu slimības simptomiem. Tas varētu būt tāpēc, ka kafija izjauc holesterīna saturu aknās ražotajā žultī.
Neskatoties uz pierādījumiem, ka kafijai ir daži ieguvumi veselībai, eksperti nepiekrīt, vai šie ieguvumi atsver riskus. Tiek uzskatīts, ka starp kafijas negatīvajām sekām, īpaši, ja to patērē lielos daudzumos, ir paaugstināts asinsspiediens un sirdsdarbība, neregulāra sirdsdarbība, atkarība, trauksme, aizkaitināmība un bezmiegs. Turklāt daži pētījumi ir parādījuši saistību starp kafiju un sirds un asinsvadu slimībām, gremošanas traucējumiem, grēmām, osteoprozi sievietēm pēcmenopauzes periodā un pasliktinātiem premenstruālā sindroma (PMS) simptomiem. Pētījumi arī liecina, ka kafija var samazināt auglību sievietēm, kuras plāno grūtniecību.