Finanšu uzskaites sistēmas var būt manuālas sistēmas, taču tās parasti ir programmatūras. Parasti finanšu uzskaites sistēma ir daļa no lielākas programmatūras sistēmas, kas paredzēta vispārēju administratīvo pakalpojumu sniegšanai organizācijai, taču tās var būt arī atsevišķas programmas. Grāmatvedības sistēmas var klasificēt pēc organizācijas veida, kas tās izmanto, finanšu organizēšanai izmantotās metodes un to, kā grāmatvedības sistēma atpazīst darījumus, tostarp skaidras naudas iegūšanu un maksājumu veikšanu. Izplatītākie finanšu uzskaites sistēmu metožu veidi ietver procesu, kontu un darījumu analīzes sistēmas. Šīs sistēmas var pielāgot arī organizācijas veidam neatkarīgi no tā, vai organizācija ir valsts departaments, skola vai mazumtirdzniecības uzņēmums.
Šo sistēmu veikto procesu ir daudz, taču tie ietver skaidras naudas pārvaldības procedūras, algas un nodokļu procedūras. Viņi var arī apstrādāt darbinieku izdevumus, tostarp kompensācijas par darba izdevumiem, piemēram, ēdināšanu un ceļojumiem. Atkarībā no organizācijas finanšu uzskaites sistēmā var būt iekļauti papildu līdzekļi, lai apstrādātu citus ikdienas biznesa aspektus.
Funkcijas dažādās sistēmās atšķiras, kas nozīmē, ka neviena sistēma nav vislabākā visu veidu organizācijām. Ir svarīgi saskaņot grāmatvedības sistēmas iespējas ar tās lietotāja vajadzībām. Piemēram, izglītības iestāžu finanšu uzskaites sistēmas parasti pārvalda darbības finanses papildus finanšu iemaksām. Skolas vai universitātes finansēs būtu iekļauti izglītības un vispārējie izdevumi, savukārt mazumtirdzniecības uzņēmuma grāmatvedības sistēmai varētu būt nepieciešams pārvaldīt izejvielu un mazumtirdzniecības kategorijas.
Pareiza veida grāmatvedības sistēmas iegūšana ir īpaši svarīga, ja tiek risināts finansējums lielai organizācijai, piemēram, universitātei vai valsts skolu sistēmai. Apstrādājot finansējuma veidus izglītības organizācijai, kategorijas var ietvert aizdevumus, dāvinājumus un finansējumu no valdības organizācijām. Šie finansējuma avoti bieži ir jāreģistrē un jāapstrādā atsevišķi, jo dažiem fondiem ir ierobežoti mērķi vai finansēšanas noteikumi, kas maina veidu, kā grāmatvedim jāreģistrē savi darījumi.
Finanšu grāmatvedības sistēmas bieži atšķiras, ja tās tiek izmantotas dažādiem mērķiem. Sistēmas, kas analizē uzņēmuma finanses, lai veiktu ieguldījumus, ko veic lietotājs ārpus uzņēmuma, pēc saskarnes un funkcijas atšķiras no vadības grāmatvedības sistēmām, kas veic finanšu datu ievades un finanšu informācijas izmantošanas uzdevumus uzņēmumā. Tas galvenokārt ir tāpēc, ka investoram, kurš skatās uzņēmuma finanšu informāciju, ir nepieciešams cits informācijas un funkciju kopums, nekā uzņēmuma vadītājs pieprasa no iekšējām finanšu pārvaldības sistēmām.
Programmatūras programmām, kurām ir finanšu uzskaites sistēmas, parasti ir funkcijas, tostarp cilvēkresursu, plānošanas un procesu pārvaldības funkcijas. Daudzfunkciju pārvaldības programmatūras sistēmas ir paredzētas, lai organizācija varētu integrēt un koplietot informāciju vairākos uzņēmuma departamentos. Izmantojot šāda veida sistēmas, tāda organizācija kā skola var tieši ievadīt informāciju, kas ir pieejama visām sistēmas pilnvarotajām pusēm, paātrinot darbību un, iespējams, palielinot informācijas precizitāti sistēmā.