Zaļās flegmas veidošanās parasti ir rezultāts tam, ka organisms cīnās ar sinusa vai elpceļu infekciju. Patiesībā tas bieži vien liecina, ka organisms veiksmīgi atbrīvojas no iebrūk vīrusa vai baktērijām; zaļā krāsa nāk no enzīmiem imūnās šūnās, kas reaģē uz slimību. Infekciju veidi, kas izraisa zaļganu flegmu, var rasties dažādu iemeslu dēļ. Plaušu slimības, piemēram, bronhītu vai pneimoniju, var izraisīt baktērijas, vīrusi vai sēnītes. Sausa gaisa vai alergēnu izraisīts deguna blakusdobumu kairinājums var padarīt tos uzņēmīgus pret dažādām infekcijām. Cilvēki ar astmu bieži ir pakļauti plaušu infekcijām elpceļu kairinājuma dēļ, tāpat kā cilvēki, kas smēķē.
Cilvēki, kas cieš no elpceļu infekcijām, bieži klepo flegmu, jo viņu ķermenis cīnās un izvada baktērijas. Tas ir ļoti izplatīts augšējo elpceļu infekciju gadījumā, ko bieži izraisa vīrusi. To bieži novēro arī ar smagākām infekcijām, piemēram, pneimoniju un bronhītu. Cilvēki ar plaušu vēzi dažkārt arī veido un izvada zaļganu flegmu.
Zaļā flegma var veidoties arī deguna blakusdobumos un tikt izvadīta no deguna. Kad deguna blakusdobumi kļūst kairināti un gaiss un gļotas nevar brīvi pārvietoties pa tiem, tie kļūst par vīrusu vai baktēriju augšanas vietu, kas bieži izraisa sinusa infekciju. Cilvēki ar sinusa infekcijām bieži pamanīs, ka no deguna izplūst zaļas gļotas, kas arī izplūst kaklā; to tomēr nevajadzētu norīt, ja tas ir iespējams, jo tas satur augstu infekcijas izraisītāju līmeni. Sinusa kairinājums bieži ir vides faktoru rezultāts; pie vainas var būt pārmērīga sausa gaisa vai kairinātāju vai alergēnu, piemēram, dūmu, putekļu vai ziedputekšņu, iedarbība.
Astmas pacienti bieži ir uzņēmīgi pret problēmām, kas izraisa zaļo flegmu. Stāvoklis bieži kairina un iekaisa elpceļus plaušās, atverot tos patogēnu uzbrukumiem. Tā kā astma ir pastāvīga problēma, cilvēkiem ar šo stāvokli bieži nākas saskarties ar atkārtotiem šāda veida infekciju gadījumiem.
Vēl viens izplatīts infekciju veidu cēlonis, kas rada zaļo flegmu, ir smēķēšana. Cigarešu dūmu ieelpošana kairina elpceļus plaušās un atstāj mazas daļiņas plaušās. Šāda veida bojājumi un uzkrāšanās tos vājina un atvieglo infekcijas iekļūšanu.