Sāpes zarnās parasti rodas slimības, veselības stāvokļa vai traumas dēļ, kas ietekmē vēdera dobuma orgānus. Lai gan sāpes var rasties tieši no tievās vai resnās zarnas, ir grūti pateikt, vai sāpes patiešām ir zarnās vai arī tās rodas no citiem orgāniem vai vēdera zonām. Visbiežākie zarnu sāpju cēloņi ir iekaisums, zarnu aizsprostojums, gremošanas traucējumi, gāzes un čūlas.
Kad orgāns vai citi audi vēdera rajonā pietūkst slimības vai traumas dēļ, tas bieži izraisa sāpes zarnu tuvumā. Sāpes no iekaisuma bieži sākas pēkšņi un var būt pastāvīgas vai periodiskas. Daži iekaisuma stāvokļi, piemēram, apendicīts, ir nopietni, un tiem nepieciešama neatliekamā medicīniskā palīdzība. Citi, piemēram, divertikulīts, resnās zarnas audu pietūkums, parasti izraisa tikai nelielas sāpes un neprasa medicīnisku aprūpi.
Zarnu nosprostošanās ir viens no visbiežāk sastopamajiem zarnu sāpju cēloņiem, kas patiesi rodas zarnās. Žultsakmeņi var bloķēt žults ceļu, kas aizsprosto zarnas un izraisa sāpes. Tievās zarnas vai resnās zarnas aizsprostojumi var novērst šķidruma iekļūšanu caur zarnām, izraisot sāpes. Šos aizsprostojumus parasti izraisa trūces, skarti izkārnījumi vai šķiedru audu joslas, kas veidojas vēderā, lai gan dažkārt vainojami arī audzēji.
Daži zarnu aizsprostojumi izzūd paši ar šķidrumu un zemu šķiedrvielu diētu. Nopietnākus šķēršļus var būt nepieciešams ķirurģiski noņemt. Neārstēti aizsprostojumi var izraisīt zarnu daļu bojāeju, un visus mirušos audus var noņemt arī operācijas laikā, lai novērstu šķēršļus.
Gremošanas traucējumi un gāzes ir daži no visbiežāk sastopamajiem vēdera sāpju un diskomforta cēloņiem, kas rodas zarnu rajonā. Gremošanas traucējumi bieži liecina par pamatslimībām, piemēram, kairinātu zarnu sindromu, gastroezofageālā refluksa slimību vai čūlām. Gāzes, kas rodas, norijot lieko gaisu, vai baktērijas resnajā zarnā, kas strādā, lai sagremotu pārtiku, var izraisīt arī sāpes zarnās. Gāzei parasti nav nepieciešama medicīniska palīdzība, lai gan pastāvīgas gāzes problēmas var liecināt par zarnu problēmām vai traucējumiem.
Čūlas ir mazas čūlas kuņģī vai tievajās zarnās. Tie var izraisīt sāpes vēderā un spiedienu, kas var būt jūtams zarnās vai to tuvumā. Lai gan ikvienam var rasties čūlas, kas izraisa sāpes zarnās, cilvēkiem, kuri smēķē, regulāri lieto alkoholu, ir 50 gadus veci vai vecāki vai regulāri lieto nesteroīdos pretiekaisuma līdzekļus, ir lielāka iespēja iegūt čūlas. Daudzas čūlas izzūd pašas no sevis, un lielākā daļa izzūd ar zālēm, kas samazina skābes līmeni kuņģī.