Viens no biežākajiem rīkles un flegma cēloņiem ir saaukstēšanās un citi vīrusi, lai gan arī bakteriālas infekcijas var izraisīt šos simptomus. Citos gadījumos alerģijas ir šādu simptomu cēlonis, un to var izraisīt arī dzīvesveida izvēle, piemēram, cigarešu smēķēšana. Personai pat var attīstīties šie simptomi pēc pasīvās smēķēšanas.
Saaukstēšanās bieži izraisa iekaisis kakls, aizlikts deguns un flegma. Sāpes kaklā bieži vien ir viena no pirmajām pazīmēm, ka cilvēkam ir saaukstēšanās, un flegma bieži attīstās vēlāk slimības gaitā. Daži cilvēki pieņem, ka flegma nozīmē bakteriālu infekciju, īpaši, ja flegma ir mainījusi krāsu, nevis skaidru. Tomēr patiesībā saaukstēšanās vīrusa rezultātā var attīstīties arī izmainīta flegma.
Citi vīrusi var izraisīt arī iekaisis kakls un flegma. Piemēram, iekaisis kakls ir viens no izplatītākajiem gripas gadījuma simptomiem, un to bieži pavada sauss klepus, kas neizdala daudz vai neizdala nekādus flegmu. Tomēr vēlākā slimības stadijā cilvēks var sākt pamanīt arī flegmu. Turklāt abi šie simptomi var attīstīties, ja cilvēkam ir gripai līdzīga slimība, nevis gripa.
Indivīdam šie simptomi var rasties arī alerģiju dēļ, kas ietekmē elpošanas sistēmu. Daudzi cilvēki zina, ka alerģijas var izraisīt kutināšanu kaklā vai klepu, taču šīs pazīmes var atdarināt arī dažus saaukstēšanās simptomus. Patiesībā cilvēkam ar alerģiju dažreiz var būt iekaisis kakls, kas ilgst ilgāk nekā ar saaukstēšanos. Viņam var rasties arī klepus, kas izraisa flegmu ikreiz, kad viņam ir ievērojama saskare ar alergēnu.
Dažreiz iekaisis kakls un flegma nav saistīti ar kādu slimību, bet attīstās kāda skartās personas darbības dēļ. Lielisks piemērs tam ir iekaisis kakls un klepus, kas dažiem cilvēkiem var būt saistīti ar cigarešu smēķēšanu. Smēķēšana var kairināt smēķētāja elpošanas ceļus un izraisīt arī flegma veidošanos. Tas var būt sliktāk, ja indivīdam ir arī saaukstēšanās vai alerģija. Turklāt dažiem cilvēkiem šie simptomi var attīstīties, ja viņi ir pakļauti pasīvai smēķēšanai.