Kaklā vai rīklē jebkurā laikā atrodas daudz dažādu baktēriju. Ir veikti vairāki pētījumi, lai noteiktu normālu rīkles floru, baktērijas, kas atrodas lielākajai daļai veselīgu cilvēku. Dažas baktērijas, kas dzīvo kaklā, var izraisīt slimības, ja saimnieks kļūst stresa stāvoklī, savukārt citām ir neitrāla vai pat labvēlīga loma saimnieka veselībā. Lai uzzinātu vairāk par savām specifiskajām rīkles baktērijām, cilvēki var veikt baktēriju kultūru, kurā paņem rīkles tamponu un kultivē, lai redzētu, kas aug.
Jebkurā laikā daudzu cilvēku rīklēs var atrast Mycoplasma, Mycobacteria, Neisseria, Streptococcus, Corynebacteria, Lactobacillus un Proteus ģints baktērijas. Izplatītas ir arī Spirochaetes un Actinomycetes klases baktērijas, kā arī organismi Haemophilus influenze un Pesudomonas aeruginosa. Normāls baktēriju līdzsvars veicina gremošanas sistēmas darbību, kā arī atbaida sliktās baktērijas, kas varētu iekļūt rīklē.
Lasītāji var atpazīt dažu parastās rīkles floras nosaukumus. Streptococcus ir baktēriju ģints, kas saistīta ar STREP rīkli, rīkles infekciju, ko izraisa kolonizācija ar Streptococcus A grupas baktērijām. Neisseria, cita rīkles iemītniece, var izraisīt meningītu Neisseria meningitidis infekcijas veidā, un Corynebacterium diphtheriae ir atbildīga par difteriju. Šo organismu klātbūtne kaklā ne vienmēr nozīmē, ka cilvēks saslims, ja vien saimnieks nepiedzīvo stresu vai sliktu veselību, kas nodrošina atvēršanos baktērijām.
Lielāko daļu iekaisušo rīkles un rīkles infekciju patiesībā izraisa nevis baktērijas, bet gan vīrusi vai sēnītes, jo piena sēnīte ir infekcija, ko izraisa Candida albicans rauga sēnīšu kolonizācija. Kad baktēriju līdzsvars kļūst nekontrolējams un viena veida baktērijas sāk augt pārāk ātri, cilvēkiem var rasties iekaisis kakls un dažādi citi simptomi. Var veikt rīkles kultūru, lai noskaidrotu, kurš organisms ir atbildīgs, un var izrakstīt antibiotikas, lai atjaunotu normālu līdzsvaru.
Pētījumi par ilgstošu antibiotiku lietošanu ir parādījuši, ka cilvēki var sabojāt mutes un rīkles baktērijas, ja viņi ilgstoši lieto antibiotikas. Tas savukārt var padarīt cilvēkus uzņēmīgus pret tādām lietām kā rauga sēnīšu infekcijas, jo tiek novērsta baktēriju konkurence par resursiem. Tas ir viens no iemesliem, kāpēc medicīnas speciālisti cenšas būt uzmanīgiem, izrakstot antibiotikas, un pārliecināties, ka pacienti lieto antibiotikas, kā noteikts, lai izvairītos no ilgstošām veselības problēmām.